-
结直肠腺癌组织中tiRNA-1_33-Gly-GCC-1的表达及临床意义
编辑人员丨4天前
目的:研究结直肠腺癌(colorectal adenocarcinoma,CAC)组织中tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 的表达及对细胞增殖的影响.方法:通过tRF&tiRNA芯片分析5 对CAC组织中tRFs&tiRNAs差异性表达谱并用qRT-PCR实验在82 对CAC组织中对tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 的表达水平进行验证.采用RNA原位杂交技术(RISH)检测CAC组织中tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 的阳性表达,并分析与患者临床特征和患者预后的关系.CCK-8 实验检测tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 对细胞增殖活性的影响.生物信息学预测并应用双荧光素酶报告实验验证tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 如何调控 TP53 I11.回复实验验证tiRNA-1_33-Gly-GCC-1/TP53I11 信号轴对CAC细胞增殖的影响.裸鼠荷瘤实验验证tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 对移植瘤生长和增殖的影响.结果:tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 在结直肠腺癌组织中表达水平升高并呈阳性表达,阳性例数54/82(65.85%)明显高于邻近正常组织 11/82(13.41%),两组间有统计学差异(χ2 =5.475,P =0.019<0.05).tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 的阳性表达与CAC患者肿瘤直径(χ2 =11.699)、分化程度(χ2 =13.081)和患者生存预后(χ2 =15.621)密切相关(均P<0.05).CCK-8 实验结果显示tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 促进CAC细胞的增殖活性(P<0.05).生物信息学预测TP53I11是tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 的下游靶基因,双荧光素酶报告基因实验提示tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 与TP53I11 3'UTR结合从而抑制其蛋白质合成.Rescue回复实验进一步验证了tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 抑制TP53I11 mRNA和蛋白的表达及对大肠癌细胞增殖的促进作用.裸鼠皮下移植瘤实验也提示tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 促进了生长和增殖.结论:tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 在结直肠腺癌组织中表达水平上调,可能是一个新的促癌基因;机制上tiRNA-1_33-Gly-GCC-1 能抑制TP53I11 的表达而促进CAC细胞的增殖生长.本研究为今后结直肠腺癌诊治和预后判断提供新的理论基础.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选
编辑人员丨4天前
绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响.本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献报道,筛选出8个候选内参基因(β-Actin、β-Tubulin、α-Tubulin、AK、GAPDH、RPL40、Hsc70、eEF1-α),采用qRT-PCR技术分析在绿豆象不同发育阶段(幼虫、蛹、雌雄成虫)以及成虫不同组织中的(触角、头、腹、足、翅)各候选基因的表达量;利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper和在线网站RefFinder并结合△Ct值评估8个候选内参基因的稳定性.结果显示,在绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中,各候选内参基因Ct值和跨度均不同,表明各候选内参基因表达量存在差异.不同算法综合比较内参基因稳定性以及GeNorm软件最佳内参基因数目的分析显示,在绿豆象虫不同发育阶段中推荐采用β-Act、β-Tub作为内参基因,而在绿豆象成虫不同组织中推荐采用β-Tub、α-Tub作为内参基因,这有利于在绿豆象的基因表达研究中取得更为可靠、准确的数据.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因在结肠腺癌中预后模型的建立及应用
编辑人员丨4天前
应用生物信息学方法,构建结肠腺癌(COAD)丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因预后模型.从TCGA数据库和GEO数据库下载结肠腺癌(COAD)转录组和临床数据,根据数据中SERPINs家族基因的表达量对COAD患者进行一致性聚类分析;将数据随机均分为训练集(Train)组和验证集(Test)组,基于两个亚型的差异基因,利用Train组进行COX回归和Lasso回归构建预后模型,根据模型风险评分中位值将样本分为高、低风险两组,绘制高低风险组患者生存曲线;通过ROC曲线评价模型预测能力;利用Test组数据验证模型;构建列线图,评估患者生存率模型预测值与实际值的一致性;并利用利用ESTIMATE算法和CIBERSORT算法评估风险评分和肿瘤微环境(TME)以及免疫浸润的相关性.通过 34 个SERPIN基因确定了两个亚型,基于 2 个亚型筛选出了 436 个预后相关分型差异基因,通过Lasso回归确定出了 11 个预后相关基因参与风险模型的构建,根据模型评分区分的高低风险组具有明显的生存差异,列线图可以准确预测 1、3 和 5 年生存率.肿瘤微环境分析和免疫浸润分析显示高风险评分组患者免疫活性差.SERPIN家族相关基因构建的风险评分模型能够预测COAD的预后,有利于进一步指导临床对COAD的诊治,提高患者生存率.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
基于生物信息学建立室管膜瘤TGF-β通路相关基因预后风险模型及其应用
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学方法建立室管膜瘤中TGF-β信号通路相关基因的预后预测模型.方法:利用无监督聚类算法区分室管膜瘤的不同分子亚型;利用基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)计算不同室管膜瘤分子亚型中TGF-β信号通路相关评分;利用乘积极限法(Kaplan-Meier analy-sis,KM)计算不同室管膜瘤分子亚型中患者的生存率;利用线性模型算法(linear models for microarray data,limma)分析不同室管膜瘤分子亚型间的差异基因;利用最小绝对收缩和选择算子算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)和COX比例风险模型(COX proportional-hazards model)构建室管膜瘤中TGF-β信号通路相关基因的预后预测模型;利用受试者工作特征曲线(receiver operating character-istic curve,ROC)评估预后预测模型的性能;利用皮尔逊相关性分析考察关键基因的相关性;利用qRT-PCR技术和免疫印迹技术考察室管膜瘤组织中关键基因的表达水平.结果:无监督聚类算法显示,室管膜瘤中存在两种不同的分子亚型;GSVA和KM分析显示,不同亚型的室管膜瘤中TGF-β信号通路评分和预后存在显著差异;基因差异表达分析结果显示,不同亚型的室管膜瘤中TGF-β通路相关基因表达存在显著差异;LASSO显示,BMP4、FBN1、CDC20、TGFB1 是预后预测模型的关键基因;ROC分析结果显示,TGF-β信号通路相关基因模型具有较高的预测性能;皮尔逊相关性分析结果显示,BMP4、FBN1、CDC20、TGFB1 与TGF-β信号通路下游基因具有显著的表达相关性;qRT-PCR 和免疫印迹技术结果显示,BMP4、FBN1、CDC20、TGFB1 在室管膜瘤组织中的表达显著上调.结论:基于TGF-β通路相关基因BMP4、FBN1、CDC20、TGFB1 构建的预后预测模型能够有效预测患者的生存情况.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
浸润性乳腺癌中EphA2基因启动子区DNA低甲基化及与细胞焦亡的相关性
编辑人员丨4天前
目的:探讨浸润性乳腺癌中肝配蛋白A型受体2(ephrin A receptor 2,EphA2)表达及其启动子区DNA低甲基化与细胞焦亡发生的相关性.方法:应用免疫荧光技术和蛋白质印迹法检测42例乳腺癌患者正常乳腺组织、癌旁组织和癌组织中EphA2的表达情况;采用免疫荧光技术和蛋白质印迹法检验细胞焦亡相关蛋白核苷酸结合寡聚结构域样受体家族蛋白3(nucleotide-binding oligomerization domain-like receptor protein 3,NLRP3)的表达水平;采用蛋白质印迹法检测凋亡相关蛋白Caspase 1和炎性细胞因子白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)的表达水平;应用巢氏甲基化特异性 PCR(nested methylation-specific PCR,nMS-PCR)检验EphA2基因启动子区DNA甲基化水平;采用蛋白质印迹法测验DNA甲基转移酶 1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)和 DNA 甲基转移酶 3a(DNA methyltransferase 3a,DNMT3a)蛋白表达水平;应用Pearson相关系数分别对患者癌组织中EphA2的蛋白表达和甲基化水平与NLRP3、Caspase 1、IL-1β、DNMT1和DNMT3a进行相关性分析.结果:与正常乳腺组织及癌旁组织相比,乳腺癌组中EphA2蛋白表达水平明显升高(P均<0.01),NLRP3、Caspase 1和IL-1β的蛋白表达水平明显降低(P均<0.05);同时与正常乳腺组织及癌旁组织相比,乳腺癌组织中EphA2基因启动子区DNA甲基化水平明显降低(P均<0.05),DNMT3a蛋白表达明显降低(P<0.01,P<0.05),而DNMT1蛋白表达的差异未有统计学意义;Pearson相关性分析结果显示,EphA2蛋白与NLRP3 蛋白(r=-0.651 2,P<0.05)、Caspase 1 蛋白(r=-0.571 2,P<0.05)、IL-1 蛋白(r=-0.654 6,P<0.05)和 DNMT3a 蛋白(r=-0.537 4,P<0.05)的表达水平均呈负相关性;而EphA2基因的甲基化水平与 NLRP3 蛋白(r=0.634 1,P=0.026 8)、Caspase 1 蛋白(r=0.672 8,P=0.016 5)、IL-1β 蛋白(r=0.694 0,P=0.012 3)和 DNMT3a 蛋白(r=0.687 1,P=0.013 6)的表达水平呈正相关性.结论:乳腺癌组织中EphA2蛋白的表达水平上调并与细胞焦亡呈负相关性;DNMT3a可能参与了 EphA2基因启动子区发生DNA低甲基化的过程.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
斑马鱼急性无机砷暴露后肝脏差异表达基因的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
砷是一种致癌物,是心血管、外周血管疾病、神经疾病、糖尿病和各种癌症的致病因素.目的:利用 GO 数据库和KEGG数据库等生物信息学方法对GEO数据库数据中的差异表达基因进行评价.利用生物信息学分析软件对差异基因进行功能富集、功能注释分析和生存分析.利用Cytoscape上的蛋白-蛋白相互作用网络(Protein-protein interaction network,PPI)软件对 179 个差异基因进行筛选和分析.结果发现 126 个基因作用于蛋白靶点,其中有 10 个基因为关键基因分别为:PSMB3、HSP701、HSPE1、STIP1、HSPD1、HSP70、DNAJB1B、HSP90AA1.1、HSPA9H和TCP1.核心基因主要作用于内质网中的蛋白质加工通路.这可能会为砷对肝脏损伤的潜在生物标志物和生物学机制提供新的思路.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
基于病毒-宿主交互网络的加味芦根方治疗流行性感冒的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的 从病毒-宿主交互界面探讨加味芦根方(芦根、全蝉蜕、僵蚕、金银花、生甘草、薄荷、羌活、葛根、柴胡)治疗流行性感冒的分子机制.方法 从本草组鉴数据库收集复方的化学成分,经里宾斯基五原则筛选潜在的活性成分后,进一步在瑞士靶点预测网站预测活性成分的作用靶点;从GEO数据库挖掘人类流感芯片GSE90732 的差异表达基因;从病毒-宿主相互作用搜索工具检索H1N1 流感-智人蛋白交互组;整合上述生物信息集,通过Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和加味芦根方-病毒-宿主交互网络,使用R软件对交集基因进行功能富集分析,最后对关键活性成分及靶点进行分子对接验证.结果 获得 1 252 个活性成分,1 415 个作用靶点,951 个流感差异表达基因和 10 142 对H1N1-智人蛋白互作信息.加味芦根方与流感的交集靶点有 72 个,功能富集显示这些靶点与宿主防御和程序性细胞死亡密切相关.交互网络拓扑分析表明,加味芦根方通过齐墩果酸、γ-十一碳酸内酯、长棘素等多种活性成分调控病毒M2、NA、NS1 和HA蛋白和/或宿主HSP90AA1、NRAS和ITGB1 等多个关键靶标发挥治疗作用,分子对接结果表明活性成分与靶点具有较好的结合能力.结论 加味芦根方通过多种活性成分直接靶向流感病毒蛋白和/或宿主因子,从抑制病毒复制、调节宿主防御和细胞死亡等多个维度发挥抗击流感的作用.该研究为进一步实验解析加味芦根方治疗流感的分子机制提供了理论基础.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
基于WGCNA发现的T细胞耗竭相关基因签名并构建骨肉瘤预后及免疫治疗反应的预测模型
编辑人员丨4天前
目的:基于加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和 LASSO(Least absolute shrinkage and selection operator)-COX回归分析筛选与骨肉瘤预后相关的T细胞耗竭关键基因作为生物标志物,并构建预后预测模型.方法:从高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载GSE21257数据集作为建立预后预测模型的数据基础.通过分子标签数据库(The Molecular Signatures Database,MisgDB)中获取 4个T 细胞耗竭相关的基因集并对这4个基因集在GSE21257数据集样本中的富集程度进行单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)分析.根据ssGSEA结果对GSE21257数据集中的数据进行WGCNA分析以筛选与T细胞耗竭高度相关的基因模块,并通过GO(Gene Ontology)分析和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析探索这些基因参与的生物学过程和信号转导通路.随后,通过LASSO-COX分析获得与骨肉瘤预后高度相关的签名基因并构建预后预测模型.通过实时荧光定量PCR、COX回归分析、外部数据集和列线图验证等方法评估预测模型的可靠性和准确度.最后利用免疫治疗相关数据集探索该预后预测模型用于预测患者对免疫治疗反应的有效性.结果:基于ssGSEA评分的分析结果显示,T细胞耗竭相关基因与骨肉瘤的转移和患者年龄有关,且有许多T细胞耗竭途径相关基因在转移性和非专一性骨肉瘤患者中呈现差异表达.通过WGCNA确定了 1 256个T细胞耗竭途径相关基因,这些候选标志物主要分布在分泌颗粒膜和内吞泡等结构中,并参与T淋巴细胞的激活.通过COX回归分析筛选出68个重要的预后标志物,随后进一步采用LASSO-COX回归分析确定了 12个签名基因,并构建了预后预测模型.实时荧光定量PCR结果表明这12个签名基因中大部分基因在不同骨肉瘤细胞系中有相同的表达趋势;对内部和外部数据集进行的COX回归分析证实预后预测模型的评分是骨肉瘤患者的独立预后影响因素,且高预后得分与患者的不良预后相关;受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线表明该模型具有良好的预测性能;列线图验证结果显示本研究构建的预后预测模型有较高的准确度和较强的可靠性.对免疫治疗相关数据集的分析结果显示,该预后预测模型对患者的免疫治疗反应也有一定的预测效果.结论:基于 CD300LB、TRO、SNX3、VENTX、PPM1M、DOT1L、CDC37、NAT9、TRMT1、PPP1R3C、CHTF18 和 NSUN5 这 12 个基因构建的预后预测模型可有效预测骨肉瘤患者的预后以及患者对免疫检查点阻断剂治疗的反应,为骨肉瘤患者的临床预后预测及免疫治疗方案的选择提供参考.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
再灌注治疗对急性心肌梗死患者血浆外泌体微小RNA差异表达的影响
编辑人员丨4天前
目的 观察冠状动脉再灌注治疗对急性心肌梗死(AMI)患者血浆外泌体微小RNA(miRNA,miR)差异表达的影响.方法 选取2022年10月至11月于深圳市龙岗区第三人民医院确诊的3例老年男性AMI患者,进行冠状动脉再灌注治疗,留取患者入院时、术后2 h和术后24 h静脉血,应用miRNA测序技术筛选3例患者血浆外泌体中共同差异表达miRNA后,对其靶基因进行生信分析,利用定量聚合酶链反应验证其中差异表达的miR-499a-5p.结果 与入院时比较,术后2 h血浆外泌体miRNA有418个上调和406个下调,术后24 h血浆外泌体miRNA有320个上调和225个下调(P<0.05);与术后2 h比较,术后24 h血浆外泌体miRNA有344个上调和350个下调(P<0.05).Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes富集分析显示,差异表达的miRNA富集在磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B、缺氧诱导因子1和血管平滑肌收缩等通路.Gene Ontology富集分析显示,差异表达的miRNA靶基因分子功能方面主要富集于蛋白结合和DNA结合;细胞组分方面主要富集于细胞膜和细胞质;生物学过程方面主要富集于信号转导和DNA模板转录.术后2 h miR-499a-5p水平显著低于入院时[(0.577±0.020)vs(1.000± 0.023),P<0.05],术后 24 h miR-499a-5p 水平显著低于术后 2 h[(0.068±0.006)vs(0.577±0.020),P<0.05].结论 血浆外泌体miRNA可作为早期诊断老年AMI患者和预测冠状动脉再灌注治疗效果的生物标志物.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前
-
滋肾丸对KKay小鼠肝脏胰岛素抵抗以及PI3K-Akt-FOXO1通路的影响
编辑人员丨4天前
目的 探究不同剂量滋肾丸水提物对于糖尿病小鼠降糖效果及该药对肝脏胰岛素抵抗的作用机制.方法 21只KKay小鼠随机分为模型组、滋肾丸高剂量组和滋肾丸低剂量组,每组7只;7只C57BL/6J小鼠作为正常组.连续灌胃给药6周,滋肾丸高剂量组予2.8 g/(kg·d),滋肾丸低剂量组予1.4 g/(kg·d),模型组、正常组予等体积蒸馏水.观察每周空腹血糖(fasting blood glucose,FBG),最后一周进行口服葡萄糖耐量试验(oral glucose tolerance test,OGTT),酶联免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)检测各组小鼠血清中的空腹胰岛素(fasting insulin,FINS)并计算胰岛素抵抗指数(homeostasis model assessment-insulin resistance,HOMA-IR),qPCR 法检测胰岛素受体底物(insulin receptor substrate,IRS)、磷脂酰肌醇 3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)、蛋白激酶 B(protein kinase B,PKB/Akt)、叉头框蛋白 1(forkhead box O1,FOXO1)、磷酸烯醇丙酮酸羧激酶(phosphoenolpyruvate carboxykinase,PEPCK)、葡萄糖-6-磷酸酶(glucose-6-phosphatase,G6pase)、葡萄糖激酶(glucokinase,GCK)基因表达水平;苏木素-伊红(hematoxylin-eosin staining,HE)染色和糖原过碘酸雪夫染色(periodic Acid-Schiff staining,PAS)观察肝脏病理情况和糖原分布.结果 与模型组相比,滋肾丸高剂量组和滋肾丸低剂量组小鼠FBG、HOMA-IR、OGTT曲线下面积明显下降,肝脏形态学改变部分减少,脂滴减少,糖原分布增加,FOXO1、PEPCK、G6pase基因表达均明显下降,滋肾丸高剂量组GCK基因表达水平显著上升,差异有统计学意义.结论 滋肾丸对于KKay小鼠降糖效果显著,能明显改善肝脏胰岛素抵抗,其机制可能是降低FOXO1、PEPCK、G6pase的转录水平,提高GCK的转录水平,从而抑制糖异生,促进糖原合成有关.
...不再出现此类内容
编辑人员丨4天前