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1种罕见SERPINC1基因复合杂合突变及其机制研究
编辑人员丨3天前
目的:对1个遗传性抗凝血酶(AT)缺陷症患者所携带的复合杂合突变进行分子机制研究。方法:先证者因“突发晕厥并四肢抽搐一天”于2018年11月就诊于温州医科大学附属第一医院。采集先证者及其家系成员(共3代9人)外周静脉血并进行家系调查。采用发色底物法检测AT活性(AT:A),免疫比浊法检测AT抗原(AT:Ag)。对SERPINC1基因进行直接测序以确定突变位点。利用多种计算机工具预测突变的保守性和疏水性变化。构建重组质粒表达载体并瞬时转染HEK293T细胞以进行体外过表达研究。采用Western Blotting、ELISA和细胞免疫荧光实验对重组AT蛋白进行体外表征。结果:先证者为一例21岁男性。AT:A为 33%,AT:Ag同步下降,属于Ⅰ型AT缺陷症。基因分析显示先证者在第2和第5外显子分别携带c.318_319insT(p.Asn107*)杂合插入突变和c.922G>T(p.Gly308Cys)杂合错义突变。该两个突变位点在同源物种中均完全保守;疏水性分析表明,p.Gly308Cys突变可能降低氨基酸残基307-313的亲水性。体外表达显示,重组蛋白AT-G308C在转染细胞裂解液和培养上清中的含量分别降低至46.98%±2.94%和41.35%±1.48%;经蛋白酶体抑制剂(MG132)处理后,Western Blotting分析显示在细胞质中的AT-G308C蛋白量恢复到与野生型相似的水平;在细胞裂解液和培养上清中均未检测到重组蛋白AT-N107*。结论:p.Asn107*杂合插入突变和p.Gly308Cys杂合错义突变与该家系先证者AT水平降低有关。p.Asn107*杂合插入突变可能触发无义突变介导的mRNA降解,从而消除异常转录本;p.Gly308Cys杂合错义突变可能通过改变局部残基的疏水性导致AT蛋白在细胞质中发生蛋白酶体依赖性降解。
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编辑人员丨3天前
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抗凝血酶Ⅲ基因突变新位点致肺栓塞一例及基因分析
编辑人员丨3天前
目的:通过基因( SERPINC1)序列分析提高对抗凝血酶Ⅲ(antithrombin Ⅲ,AT Ⅲ)缺乏导致的急性肺栓塞的临床诊治水平。 方法:报道1例33岁男性胸痛患者的诊断和治疗过程,通过高通量二代基因测序检测7项易栓症基因的所有外显子及侧翼序列,使用数据库查询基因突变谱,使用Mutation Taster软件预测突变基因的致病概率。结果:该例患者确诊为急性肺栓塞(中低危),病程中发现患者AT-Ⅲ活性持续低于50%,给予那曲肝素钙联合华法林抗凝,患者咯血增多,更换用药为利伐沙班,栓子逐渐吸收。基因检测显示 SERPINC1基因c.1148T>A(p.L383H)杂合错义突变,检索基因数据库并使用蛋白功能损伤预测软件确认该突变位点为新发致病突变,致病概率0.999 999 851 200 991,经文献检索目前国内外尚未见报道。 结论:SERPINC1基因c.1148T>A(p.L383H)为新发致病突变,补充和更新了遗传性AT Ⅲ缺乏症基因突变谱,新型口服抗凝药(利伐沙班)或可作为此类患者的一线治疗药物。
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编辑人员丨3天前
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SERPINC1基因缺陷导致的AT缺陷症患者易发生静脉血栓事件
编辑人员丨3天前
目的:分析12例抗凝血酶(AT)缺陷症患者的基因突变,探讨SERPINC1基因突变与静脉血栓事件的关系。方法:本文研究类型为观察性研究-描述性研究:病例系列。收集2014年4月至2021年4月温州医科大学附属第一医院12例AT缺陷患者临床资料,在患者治疗前,采集血标本。采用发色底物法检测血浆AT活性(AT:A),免疫比浊法检测AT抗原(AT:Ag)含量。采用PCR直接测序法分析先证者SERPINC1基因7个外显子及其侧翼序列,对发现的疑似突变用反向测序予以验证。分析SERPINC1基因突变与患者静脉血栓栓塞症(VTE)的相关性,统计占比。结果:12例患者的AT:A在30%~66%,均明显下降,7例患者的AT:Ag 同步降低,表现为Ⅰ 型AT缺陷,5例患者AT:Ag在参考范围,表现为Ⅱ 型AT缺陷。共发现12种SERPINC1基因突变,其中6种杂合突变c.456_458delCTT(p.phe121del)、c.318_319insT(p.Asn75stop)、c.922G>T(p.Gly276Cys)、c.938T>C(p.Met281Thr)、c.1346T>A(p.Leu417Gln)和c.851T>C(p.Met252Thr)为首次发现的突变位点。12例患者均有静脉血栓形成表现,其中3例患者包括2例复合杂合突变患者和1例单杂合突变患者,在没有明显诱因下,青壮年时期即发生深静脉血栓(DVT);其他9例患者合并有其他易栓危险因素,包括高龄、高血压、吸烟、妊娠和制动。结论:SERPINC1基因缺陷导致的AT缺陷症患者易发生静脉血栓事件,尤其当同时存在其他易栓因素时。
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编辑人员丨3天前
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妊娠合并遗传性抗凝血酶Ⅲ缺陷症1例
编辑人员丨3天前
遗传性抗凝血酶Ⅲ(AT-Ⅲ)缺陷症是一种罕见的常染色体显性疾病,由SERPINC1基因突变引起。该病主要表现为体内AT-Ⅲ活性降低,增加静脉血栓及妊娠丢失的风险。目前,我国关于妊娠合并遗传性AT-Ⅲ缺陷症的报道较少,本文报道1例既往有肺栓塞病史、妊娠前确诊为遗传性AT-Ⅲ缺陷症患者,经过妊娠期抗凝治疗于孕39周顺产一活婴,妊娠结局满意;结合文献复习,以提高对妊娠合并遗传性AT-Ⅲ缺陷症的认识。
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编辑人员丨3天前
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SERPINC1基因变异所致遗传性抗凝血酶缺陷症家系的临床表型和遗传学分析
编辑人员丨3天前
目的:分析1个遗传性抗凝血酶(AT)缺陷症家系的临床表型及遗传学特征。方法:回顾性分析2020年6月"因反复多部位形成静脉血栓"就诊于温州医科大学附属第二医院的1对AT先证者及其家系成员的临床资料。用STA-R全自动血凝分析仪检测先证者及家系成员血浆凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、纤维蛋白原(FIB)、凝血酶时间(TT);用发色底物法和免疫散色比浊法检测先证者及其家系成员血浆AT活性(AT: A)和AT抗原(AT: Ag)。用PCR扩增先证者及家系成员抗凝血酶基因 SERPINC1的所有外显子及侧翼序列,测序并寻找变异位点;采用生物信息学预测软件对蛋白质功能的影响和蛋白质构象的改变进行分析。 结果:先证者(Ⅱ 2、Ⅱ 10)及其兄弟(Ⅱ 5)和儿子(Ⅲ 1、Ⅲ 8)的PT、APTT、FIB及TT均在正常范围,而AT: A和AT: Ag明显下降,分别为34%、57%、56%、48%、53%和13.51、13.44、18.39、17.36、17.71 mg/dL,其余家系成员均在正常范围。先证者及家系成员测序结果显示均携带 SERPINC1基因第5外显子c.851T>C(p.Met284Thr)杂合错义变异;生物信息学软件预测提示该变异可导致c.851位点编码氨基酸的氢键改变,影响蛋白质的结构。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级标准指南,该变异评级为致病性变异(PS1+PM1+PM5+PP1+PP4)。 结论:先证者及其他患者家系成员被确诊为Ⅰ型遗传性AT缺陷症患者, SERPINC1基因c.851T>C(p.Met284Thr)变异是其遗传学病因。
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编辑人员丨3天前
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妊娠合并抗凝血酶缺陷症的基因检测和分析
编辑人员丨2周前
目的 对1例妊娠合并遗传性抗凝血酶(AT)缺陷症患者进行基因检测和分析.方法 收集患者的临床资料,检测其血浆抗凝血酶活性(AT:A)、凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶时间(TT)、纤维蛋白原(Fib)、D-二聚体(DD)、纤维蛋白原降解产物(FDP)、蛋白C活性(PC:A)、蛋白S活性(PS:A)等凝血指标.对患者的PROC、PROS1、SERPINC1、SERPIND1、PLG、PROCR、THBD、ADAMTS13、HRG、TFPI、CPB2、HABP2、PLAT、PLAU、SERPINA10、SERPINE1、SERPINF2、CALR、GP6、JAK2、MPL和凝血因子相关基因的转录起始点、5'-非翻译区(UTR)、编码区、剪切点8 bp内含子序列区域、转录终止子点突变、小缺失/重复和剪切位点进行突变检测.采用Sanger测序验证变异位点.对变异位点进行生物信息学分析,以明确致病性.结果 患者AT:A降低.基因检测结果显示,患者SERPINC1基因第2号外显子发生c.380G>A(p.Cys127Tyr)杂合突变,JAK2基因第10号外显子发生c.1324G>C(p.Glu442Gln)杂合突变,SERPINA10基因第2号外显子发生c.389T>G(p.Leu130Trp)杂合突变.SERPINC1基因c.380G>A(p.Cys127Tyr)变异在正常人群公共SNP数据库(ExAC数据库、1000G dbSNP13数据库和gnomAD数据库)中未被收录,ClinVar数据库、OMIM数据库和HGMD数据库中均未见该变异位点的相关报道,PolyPhen-2、MutationTaster和CADD在线软件预测其为致病性变异.JAK2基因c.1324G>C(p.Glu442Gln)变异和SERPINA10基因c.389T>G(p.Leu130Trp)评级均为意义不明确的变异.Sanger测序结果显示3个变异均存在.蛋白模拟结构分析结果显示,SERPINC1基因c.380G>A(p.Cys127Tyr)变异可导致蛋白结构改变,从而影响蛋白功能.结论 SERPINC1基因c.380G>A(p.Cys127Tyr)变异可能导致遗传性AT缺陷症.监测凝血相关指标,及时进行分子诊断,有助于改善遗传性AT患者的妊娠结局.
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编辑人员丨2周前
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胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据.方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析.结果 共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路.蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS.预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB.结论 通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据.
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编辑人员丨2023/8/6
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遗传性易栓症筛查及相关基因检测分析
编辑人员丨2023/8/6
目的:检测和分析遗传性易栓症的相关基因及其突变位点,为中国人群遗传性易栓症患者的基因突变特点积累资料.方法:对2015年6月至2017年12月在浙江大学医学院附属第二医院就诊的遗传性易栓症疑似患者25例进行血清蛋白C、蛋白S,抗凝因子相关基因蛋白C(基因名PROC)、蛋白S(基因名PROS1)和抗凝血酶Ⅲ(基因名SERPINC1),凝血因子相关基因凝血因子Ⅴ(基因名F5)、凝血因子Ⅱ(基因名F2)、凝血因子Ⅷ(基因名F8)、高型半胱氨酸血症相关因子(CBS、MTHFR)第二代测序分析.利用千人基因组数据库、ESP6500数据库、Genoma数据库、HGMD突变数据库比对突变位点,根据SIFT、Polyphen、MutationTaster、CADD数据库预测突变位点的致病性.结果:25例患者中,发现抗凝因子相关基因PROC突变患者8例,PROS1突变患者2例,SERPINC1突变患者3例;凝血相关基因F5突变1例,F2突变1例,F8突变1例,CBS突变2例,MTHFR突变1例.结论:应用第二代基因测序分析有助于诊断遗传性易栓症相关静脉血栓,指导精准治疗.
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编辑人员丨2023/8/6
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TM6SF2在肝细胞癌组织中的表达及其生物信息学功能分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌(HCC)组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能.方法 利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化.利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析.利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因.利用DAVID6.8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析.用t检验验证HCC与癌旁组织基因mR-NA表达差异.用Spearman相关系数分析基因表达的相关性.采用Kaplan-Meier生存分析计算生存率,采用广义log-rank检验估计生存率的差异.结果 与正常肝组织相比,HCC组织中TM6SF2基因mRNA水平呈低表达(|log2 FC|cut-off=0.5,P<0.01).相比高表达的患者,TM6SF2低表达可明显降低HCC患者的总体生存时间(χ2=9.897,P<0.01).数据分析显示,在HCC组织中与TM6SF2表达相关基因共49个.GO分析提示,TM6SF2表达相关基因功能富集在脂肪酸合成、脂肪酸连接酶激活、凝血酶调节等生物学过程(P<0.05).KEGG pathway分析提示,TM6SF2表达相关基因主要参与了丙氨酸代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆汁分泌等信号通路过程(P<0.05).蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示,SERPINC1、NR1I2、SERPINA10、SLC10A1等基因与TM6SF2有明显或潜在的相互作用(P<0.01).结论 肿瘤数据挖掘能迅速获取HCC组织中TM6SF2表达的相关信息,为探索TM6SF2在HCC发生发展中的作用提供生物信息学理论基础.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于新一代测序技术的易栓症基因检测Panel的建立及其在中国静脉血栓患者遗传背景研究中的临床应用
编辑人员丨2023/8/6
目的:研发髙效、准确、简单、实用的易栓症遗传性危险因素的基因检测方法,用于我国易栓症患者的病因诊断和治疗指导.方法:收集上海交通大学医学院附属瑞金医院血栓与止血门诊246例静脉血栓患者的临床及家系资料,并对其进行遗传性及获得性易栓症表型检测;通过文献研究和人类孟德尔遗传学数据库检索,遴选出18种与血栓发生相关的基因,组成易栓症基因检测Panel,采用二代测序及CNVplex?高通量拷贝数检测技术对该Panel进行点突变、小缺失/插入及拷贝数变异检测.结果:246例静脉血栓患者中有159例携带基因突变,突变检出率为64.6%.其中,69.2%的患者携带单一基因突变,13.2%携带单基因的复合杂合突变,另有17.6%携带2种及以上的基因突变.在159例携带基因突变的患者中,有144例患者携带抗凝蛋白基因(SERPINC1、PROS1和PROC)的突变,有31例患者携带其他10种基因(F2、F5、F9、F12、PROCR、THBD、SERPIND1、PLG、ADAMTS13和TFPI)的突变,其中部分突变(F2基因R596Q和F9基因R384Q突变等)被证实与静脉血栓发生相关.拷贝数检测发现,有19例患者存在拷贝数变异,以PROCR及PROS1基因为主.另外,在61例存在获得性血栓危险因素(抗磷脂综合征、手术或妊娠等)的患者中,有40例患者携带遗传性血栓危险因素.56例患者实验室表型检测结果均为正常,而易栓症基因检测Panel结果显示,其中20例患者携带致病性基因突变.72例患者因处于血栓急性期或口服抗凝药物期间,无法进行表型检测,经易栓症基因检测Panel分析发现,其中32例患者携带致病性基因突变.结论:本研究建立的易栓症基因检测Panel可以快速、有效、准确地对遗传性静脉血栓危险因素进行筛查.对存在获得性血栓危险因素的患者仍有必要进行遗传分析.根据基因检测结果,可评估患者及其家系成员血栓发生风险的大小,制定相应的预防治疗方案,预防血栓的发生或复发,减少血栓后综合征的发生,值得在临床上广泛推广应用.
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编辑人员丨2023/8/6