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转座子在泌尿系肿瘤诊疗中的研究进展
编辑人员丨1周前
转座子是人类基因组中占比最高的元素,在基因表达调控和物种进化等方面起到至关重要的作用,然而其跳跃、插入的属性也为基因组稳定性带来潜在的危害。转座子的这种双重影响在机体中保持着谨慎的平衡并受到表观遗传修饰调控,一旦平衡被打破,基因组不稳定性的形成将可能导致肿瘤的发生。目前的研究结果表明,转座子的转录激活、表达产物和甲基化等与泌尿系统肿瘤密切相关,同时作为生物标志物在泌尿系肿瘤的风险及疗效预测、无创诊断、靶向治疗等方面也展现着巨大的潜力。本文综述了转座子在泌尿系肿瘤发生、发展中的机制研究,以及在诊断、治疗方面的新进展。
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编辑人员丨1周前
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Tn-seq法筛选高毒力肺炎克雷伯菌新毒力基因
编辑人员丨1周前
目的:建立转座子突变文库,筛选高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae, hvKp)的新毒力基因。 方法:构建转座子突变文库,血清处理,通过转座子测序(transposon sequencing, Tn-seq)比较分析血清处理前后各基因突变株在文库中丰度变化,并对筛选出的基因进行KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释和富集分析。结果:以处理后丰度低于初始丰度20%为界,共筛选出405个基因,其中351个基因在HS11286、NJST258_1、NTUH-K2044和RJF293等4株参考菌株中保守存在,占86.7%,10个基因为NTUH-K2044和RJF293两株高毒力株共有而低毒力株HS11286和NJST258_1缺失;荚膜多糖基因簇中基因如糖基转移酶基因 wzy、聚集蛋白基因 wzi、荚膜转运蛋白基因 wza等突变株在血清处理后不能检出,气杆菌素、沙门氏菌素等铁载体基因簇在各文库中的丰度变化不超过1倍;KEGG注释结果显示,注释最多的基因为参与氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、碳水化合物代谢等。 结论:Tn-seq是功能基因筛选的可靠方法,本研究成功筛选出405个hvKp的候选新毒力基因,为后续深入研究hvKp的新毒力基因功能和调控机制提供实验依据。
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编辑人员丨1周前
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逆转录转座子LINE-1介导配子和胚胎发育异常的研究进展
编辑人员丨1周前
长散布核元件-1(long interspersed nuclear element-1,LINE-1)是人类基因组中唯一自主转座的非末端重复序列逆转录转座子,能够复制并粘贴到基因组的新位点。为了确保进化成功,可遗传的新LINE-1插入物在携带遗传信息的生殖细胞和胚胎干细胞中积累。然而,早期胚胎发育中LINE-1抑制的减少可能会导致反转座子插入引起基因组突变,LINE-1 mRNA和蛋白质表达增加可能通过诱导胎儿卵母细胞消耗、DNA损伤与免疫炎症反应间接造成早期胚胎损伤乃至妊娠丢失。本文总结并分析了近年来关于LINE-1表观调控在配子发生及早期胚胎发育过程中的作用及其诱发早期自然流产的研究进展。
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编辑人员丨1周前
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一株同时产KPC-2和NDM-5碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌耐药基因特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析一株同时产KPC-2和NDM-5碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌耐药基因特征。方法:肺炎克雷伯菌KPN-hnqyy分离自我院血液科一位患者的粪便标本,使用仪器BD Phenix-M50鉴定菌株并测定最小抑菌浓度;酶联免疫层析试验和PCR方法检测碳青霉烯酶基因型;接合试验检测相关质粒的转移性;PacBio和Illumina平台对菌株全基因组测序,并在BacWGSTdb数据库中检索菌株MLST分型、耐药基因和质粒类型,使用软件Easyfig_2.2.3比对基因组和开放读码框序列,BRIG v0.95生成可视化质粒圈图。结果:肺炎克雷伯菌KPN-hnqyy对碳青霉烯类抗生素耐药,MLST分型为ST11型, blaKPC-2和 blaNDM-5碳青霉烯酶基因阳性;接合子 blaKPC-2基因阳性, blaNDM-5阴性;全基因组测序显示菌株含有1个染色体和3个质粒;肺炎克雷伯菌KP69和KP19-2029等与本研究菌株染色体基因组相似性大于99.9%,且其各自携带的不同种类的质粒上含有相似的IncR和IncFⅠ耐药基因融合区, blaKPC-2基因位于此融合区中一个由Tn3-△Tn4401-Tn1721/Tn1722序列演化而来的两端插入IS26转座酶基因的结构中; blaNDM-5基因位于一种含有噬菌体插入片段特殊质粒的Ⅰ型转座子上,两端也插入了IS26转座酶基因。 结论:ST11型肺炎克雷伯菌携带 blaKPC-2的IncR和IncFⅡ耐药基因融合区与染色体基因组可能一起广泛存在,特殊质粒携带的 blaNDM-5基因可能是通过IS26转座元件介导的基因重组方式偶然获得;携带 blaKPC-2基因的ST11型肺炎克雷伯菌在中国广泛传播并能通过IS26转座元件获得其他碳青霉烯酶基因的能力应引起重视。
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编辑人员丨1周前
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黏质沙雷菌携带KPC-2型碳青霉烯酶的相关质粒特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析黏质沙雷菌携带KPC-2型碳青霉烯酶的相关质粒特征。方法:4株碳青霉烯类抗生素耐药的黏质沙雷菌来自2016年我院肝胆病区的4位患者,使用仪器BD Phenix-100鉴定菌株并测定最小抑菌浓度(MIC),脉冲场凝胶电泳分析菌株之间的同源性,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,PCR及产物测序检测基因型,接合试验检测质粒的转移性,质粒全基因组测序后比对,并分析其特征,使用软件DNAMAN比对复制起始蛋白氨基酸序列,软件MEGA7.0 Neighobor-Joining法构建系统发育树。结果:4株黏质沙雷菌对碳青霉烯类抗生素均表现耐药,菌株具有同源性,Hodge试验为阳性,碳青霉烯酶基因型为 blaKPC-2,接合试验阳性;质粒为42 742 bp的环状DNA,具有incX6质粒的类似骨架和相似的复制起始蛋白氨基酸序列,并和incX6具有共同的节点; blaKPC-2处于由Tn3家族转座子、重组酶基因、△ISKpn6和ISkpn27等插入元件构成的耐药核心区。 结论:未知质粒类型为incX6-like, blaKPC-2位于质粒的△Tn6296转座子上;携带KPC-2的此类质粒的细菌应引起重视。
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编辑人员丨1周前
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piRNA作为男性不育生物标志物的研究进展
编辑人员丨1周前
PIWI互作RNA(piRNA)是一类与PIWI蛋白特异性结合的小分子非编码RNA,主要在生殖细胞中表达,并参与调控精子发生的过程。piRNA路径在精子发生调控中的作用主要包括抑制转座子、诱导mRNA翻译或降解、介导晚期精子细胞中的Miwi泛素化降解等。随着在精浆中检测到piRNA,研究者开始关注是否可将piRNA作为一项非侵入性的分子生物学检测标志物,用以评估睾丸中精子发生的情况。对10年来对piRNA的相关研究进行综述,阐述有关piRNA路径介导精子发生的生物学机制,以及piRNA失调在男性不育症诊治中的潜在价值。
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编辑人员丨1周前
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blaKPC-2在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌中的传播机制
编辑人员丨1周前
耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)在临床高度流行,由于缺乏有效治疗药物而带来了显著挑战。 blaKPC-2编码的肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶-2(KPC-2)是CRKP产生碳青霉烯抗性的主要原因之一。在中国和其他亚洲地区,Tn1721和IncFⅡ质粒是 blaKPC-2在缺乏规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)和限制-修饰(R-M)系统的 Kpn ST11之间转移的主要载体。转座子的结构对耐药基因的转座频率有明显影响,这可能和不同转座子的转座模式有关系。 blaKPC-2在ST11中有流行优势与ST11免疫缺陷有重要联系,用重新设计的CRISPR/Cas3系统通过接合实验传递入ST11型肺炎克雷伯菌,高危IncFⅡ质粒可以被成功剪切,从而使ST11型CRKP恢复对抗生素的敏感性,这为CRKP的临床治疗和预防提供了新思路。
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编辑人员丨1周前
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一株牛源都柏林沙门氏菌的全基因组测序及毒力与耐药性分析
编辑人员丨2023/12/9
[背景]沙门氏菌(Salmonella spp.)是重要的人畜共患病原菌,其毒力和耐药性的不断增强引起广泛关注.[目的]了解从通辽市一犊牛死亡病例中所分离牛源都柏林沙门氏菌的毒力及耐药性情况.[方法]以病死犊牛肺脏为材料,经细菌分离纯化及 16S rRNA基因测序,鉴定病原为沙门氏菌.采用动物试验、药敏试验和PCR方法对分离菌进行毒力、耐药性,以及毒力基因和耐药基因检测,并对其进行全基因组测序分析.[结果]分离菌具有较强毒力,对小鼠半数致死量为2.8×106 CFU/mL.分离菌为多重耐药菌,仅对多粘菌素B和噻孢霉素敏感,对强力霉素和恩诺沙星中度敏感.检测 13 种沙门氏菌常见毒力基因,检出率为 92.3%.对分离菌进行全基因组测序分析,该菌株为都柏林沙门氏菌,基因组大小为 4 965 370 bp,GC含量为 52.12%,同时携带 2 个质粒,大小分别为 79 524 bp(pTLS-1)和 45 301 bp(pTLS-2).分离菌中共携带 996 个毒力基因和24 个毒力岛;共携带 42 个耐药基因,其中 4 个为可水平转移基因,基因组中存在 9 个可移动遗传元件,包括插入序列和转座子等.[结论]分离牛源都柏林沙门氏菌菌株具有较强毒力且为多重耐药株,携带大量毒力基因及耐药基因.
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编辑人员丨2023/12/9
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中国人群中替加环素耐药菌流行现况
编辑人员丨2023/11/25
临床上抗菌药物大量使用导致多重耐药和泛耐药细菌数量逐年上升,甚至出现了对替加环素耐药的"超级细菌",这是临床治疗正在面临的巨大难题.目前我国替加环素耐药菌在人群中的分布尚不明确,且细菌对替加环素的耐药机制复杂且多样,可通过多种调控途径对替加环素产生耐药性.质粒、转座子、整合子等多种可移动遗传元件也可作为替加环素耐药基因传播的载体,对替加环素耐药菌在人群中的快速传播发挥至关重要的作用.因此本文对2018年1月1日-2022年12月31日5年间中国大陆人群中替加环素耐药菌株的流行病学特征及耐药传播机制进行全面阐述,旨在为临床抗菌药物的合理使用及耐药菌的有效控制提供科学依据.
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编辑人员丨2023/11/25
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PIWI相互作用RNA:结直肠癌诊断和预后的生物标志物
编辑人员丨2023/11/11
PIWI相互作用RNA(PIWI-interacting RNA,piRNA)是一种新型小分子非编码RNA,它通过与PIWI蛋白形成复合体发挥调节作用,主要存在于哺乳动物(人类、小鼠等)的干细胞与生殖细胞中.越来越多的研究表明,piRNA可以通过表观遗传改变来调节基因表达,包括转座子沉默、DNA甲基化和染色质修饰等,在肿瘤的发生中起关键性作用.因此,piRNA具有作为生物标志物的可能,为癌症诊断与预后监测提供新的方法.文章综述了piRNA在结直肠癌中的生物学作用,为结直肠癌的发病机制和寻找其有效生物标志物的研究工作提供线索.
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编辑人员丨2023/11/11