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多奈哌齐疗效及不良反应相关的药物基因组学研究
编辑人员丨6天前
目的 分析多奈哌齐治疗阿尔茨海默病(AD)连续疾病谱患者的疗效及不良反应的药物基因组学研究.方法 连续募集2022年1月至2023年1月于解放军总医院就诊的分子病理初次诊断AD连续疾病谱时服用多奈哌齐治疗的患者72例.采取患者口腔颊黏膜细胞,应用MassARRAY核酸质谱技术检测细胞色素P450(CYP)2D6酶编码基因CYP2D6及乙酰胆碱转移酶编码基因CHAT基因型.随访9个月,通过神经功能量表、照料者评价及药物处方行为间接判断药物疗效,将其分为有效组28例和无效组22例;其中不良反应12例,无不良反应60例.采用多因素logistic回归分析多奈哌齐疗效与药物基因组学的相关性.结果 与无效组比较,有效组CHAT基因rs3793790 携带 G、rs2177370 携带 A 等位基因的频率显著升高(35.71%vs 9.09%,P=0.029;42.86%vs 9.09%,P=0.008).多因素logistic回归分析显示,CHAT基因rs3793790携带G和(或)rs2177370携带A较均不携带者应用多奈哌齐有效(95%CI:1.20~34.47,P=0.030).有、无不良反应患者CYP2D6基因调整后活性评分及是否携带*10比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 在AD连续疾病谱患者中,多奈哌齐疗效与CHAT基因多态性相关,未发现多奈哌齐不良反应与CYP2D6基因型的相关性.
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编辑人员丨6天前
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黑水虻幼虫肠道微生物的功能及组学应用
编辑人员丨6天前
黑水虻Hemertia illucens幼虫肠道中栖息着许多种类的微生物,这些微生物与宿主之间的相互作用极为复杂,它们可以影响宿主的生长发育、繁殖能力、营养代谢、行为偏好和寿命.此外,它们还可以调节宿主的免疫系统并保护宿主免受病原体的侵害.深入了解微生物与黑水虻的互作机制,有助于优化黑水虻的生长环境,从而实现更高效的人工繁育.相关文章对微生物与黑水虻互作机理进行了总结,但这些研究方法只能提供微生物群落的结构信息,而无法揭示微生物的功能和代谢能力.因此,宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学和代谢组学逐渐被应用,这些技术除了提供关于微生物种群的完整分类,还揭示了它们的功能和代谢能力.通过了解肠道菌群的组成和功能,可以有效调整黑水虻的饲料、饲养环境和生长条件,从而提升黑水虻肠道菌群的稳定,提高黑水虻的生产性能和经济效益.
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编辑人员丨6天前
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组学技术在布鲁菌病诊断中的应用研究进展
编辑人员丨6天前
布鲁菌病是一种严重的人畜共患病,其诊断一直是个难题.随着组学研究和技术的不断发展,越来越多的学者开始关注布鲁菌病的组学研究.在基因组学方面,利用测序技术获得基因组数据,可以更好地了解菌株之间的遗传差异和相似性,从而对菌株进行分型,宏基因测序已经应用于布鲁菌病的诊断.在转录组学方面,通过测序技术获取病原体在特定条件下的转录组数据,寻找对诊断布鲁菌病有价值的生物标志物.在蛋白质组学方面,通过质谱技术分析蛋白质在生物学过程中的表达、互作和调控,为开发布鲁菌病的新型诊断方法提供支持.在代谢组学方面,利用液相色谱串联质谱技术获得代谢物的代谢谱,基于代谢组数据可以鉴定代谢途径和代谢产物,更好地了解布鲁菌菌株之间的代谢差异,为布鲁菌病的诊断提供了新的方向.多组学联合可以构建出更加全面而准确的生物学信息,为布鲁菌病的诊断提供新的思路和方法.
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编辑人员丨6天前
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Sin3A基因变异致Witteveen-Kolk综合征遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的 探讨开关不敏感3转录调节因子家族成员A(Sin3A)基因变异导致的Witteveen-Kolk综合征临床表型和遗传学特点.方法 收集1例发育迟缓患儿的临床资料,对患儿及其父母进行全外显子基因测序,采用Sanger测序验证可疑变异,并进行家系分析.结合文献分析Witteveen-Kolk综合征的临床特征和基因变异特点.结果 Witteveen-Kolk综合征患儿临床表现主要为轻中度智力障碍或发育迟缓、特殊面容(长脸、前额突出、鼻梁凹陷、长人中等)、身材矮小.颅脑磁共振成像(MRI)显示不同程度的脑畸形.全外显子基因测序结果显示,患儿Sin3A基因存在移码变异c.803dupC(p.Leu269Thrfs*37)(杂合).Sanger测序证实存在变异位点,患儿父母该位点均为正常基因型.gnomAD等对照人群数据库未收录该变异位点,根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)/美国分子病理学学会(AMP)指南归类为"致病性"变异.结论 Sin3A基因变异可导致Witteveen-Kolk综合征.基因检测可明确生长发育迟缓伴特殊面容患儿的病因.
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编辑人员丨6天前
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缺氧在肺癌的进展与治疗耐受产生中的作用机制研究进展
编辑人员丨6天前
缺氧是肺癌的内在特征,其通过对基因组学和蛋白组学表达的调控来影响肺癌的代谢、增殖和迁移,并通过复杂的机制上调肺癌对放疗的耐受性、诱导肺癌对化疗、免疫治疗的耐药性,是导致肺癌预后不良的重要因素.文章就缺氧在肺癌进展中的作用及治疗过程中影响耐药性的作用机制及其作为治疗靶点在肺癌临床治疗中的应用可能作一综述.
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编辑人员丨6天前
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宏基因组学应用于口腔念珠菌病诊疗的研究进展
编辑人员丨6天前
近年来,随着抗菌药物的不断更新换代,口腔念珠菌病患者逐年增加.口腔念珠菌病患者口腔内的微生物群也趋于多样化,相互作用机制复杂.传统的微生物学研究主要应用分离培养、克隆、荧光原位杂交和分子标记等方法,由于技术的限制仍有约30%的口腔微生物群无法或难以通过传统方法培养,而宏基因组学技术恰好弥补了这方面的不足,使我们能更深入地探索口腔念珠菌病患者口腔微生物群的多样性、结构和功能.本综述旨在总结、归纳宏基因组学应用于口腔念珠菌病诊疗的研究进展,并阐明其重要意义.
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编辑人员丨6天前
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上海市崇明区猪—土壤界面微生态与抗生素耐药性相关性分析
编辑人员丨6天前
目的 探究养殖场内育肥猪粪便与土壤的微生物组成和抗生素耐药基因构成,并挖掘之间的关联.方法 选择上海市崇明区5家猪养殖场,采集猪粪便和土壤样本,使用Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台进行全基因组鸟枪法测序.通过主坐标分析、LEfSe分析、共现网络分析和统计学检验,探究样本微生物组成、多样性特征和抗生素耐药基因之间的关系.结果 猪粪便中的主要微生物包括拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和放线菌门,主要耐药基因类型包括多药耐药类、四环素类、糖肽类、肽类、氟喹诺酮类和β-内酰胺类等.来自同一养猪场的样本在微生物丰度和耐药基因多样性上存在相关性.此外,研究还发现养猪场运作因素如饲料成分、饲养密度和卫生环境等,导致了不同养猪场之间的微生物组成和耐药基因的差异.在猪粪—土壤界面,一些有益微生物之间存在共生关系,具有抑制潜在病原微生物的生长能力,并对土壤微生态产生影响.不同类型的耐药基因之间也存在共生关系.结论 通过宏基因组学方法研究了猪粪便与土壤中的微生物和耐药基因,揭示了微生物与抗生素耐药基因之间的相关性,提出微生物群是耐药基因谱的重要驱动因素.这一发现为通过微生态调控来预防和控制抗生素耐药性提供了科学依据.
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编辑人员丨6天前
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KMT2D基因变异所致歌舞伎综合征1例
编辑人员丨6天前
目的 探讨歌舞伎综合征(Kabuki syndrome,KS)临床表型及基因变异类型和基因检测诊断.方法 对患儿进行外周血家系全外显子测序,并通过Sanger DNA测序验证.结果 先证者为6 岁5 个月的女性患儿,表现为特殊面容、发育迟缓、惊厥发作、脑电图异常、反复中耳炎病史等.患儿外周血家系全外显子测序显示,KMT2D基因(NM003482)c.3094del(p.Leu1032TrpfsTer24)存在变异.该变异为移码变异.Sanger DNA测序结果显示患儿父亲、母亲均未携带该变异,表明该变异为新发变异.根据美国医学遗传学与基因组学学会变异解读标准,该基因变异分类为 PVS1+PS2+PM2,属于致病性变异.结论 患儿确诊为由KMT2D基因变异导致 KS1 型,为常染色体显性遗传.本研究结果表明,对于疑似KS者应做到早诊断、早干预;对于已知基因无变异的患者,应根据国际共识标准进行临床诊断,并进行随访和遗传咨询.本研究进一步丰富了KS基因变异谱,为该病的诊断和遗传咨询提供依据.
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编辑人员丨6天前
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内质网蛋白驻留受体2蛋白对胰腺癌恶性生长的影响及机制研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨赖氨酸-天冬氨酸-谷氨酸-亮氨酸(KDEL)内质网蛋白驻留受体2(endoplasmic reticulum protein retention receptor 2,KDELR2)对胰腺癌细胞恶性生长的影响,并初步探究相关作用分子机制.方法:通过癌症基因组学数据分析平台(UCSC XENA)分析KDELR2 mRNA在泛癌和人胰腺癌组织中的表达水平;通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)分析其表达水平与胰腺癌患者临床病理特征及生存预后的关系;采用基因本体功能富集分析(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组数据库富集分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)探索KDELR2相关差异表达基因参与调节的信号通路;通过ssGSEA算法分析KDELR2免疫浸润情况.应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和蛋白质印迹实验检测不同胰腺癌细胞系(BXPC-3、MIA PaCa-2、PANC-1、PaTu 8988-T)以及正常人胰腺导管上皮细胞(HPNE)中KDELR2的mRNA和蛋白表达水平,并检测人胰腺癌组织及对应癌旁组织中KDELR2的蛋白表达水平.通过慢病毒转染构建KDELR2过表达和敲减的稳转细胞株(PaTu 8988-T 和 PANC-1)及其对照空载体细胞株("KDELR2-OE"和"Vec"、"shKDELR2-S1/S2"和"shNC"),利用 CCK8、EdU、Transwell、细胞克隆形成实验观察KDELR2过表达及敲低后稳转细胞株的生物学行为变化;使用JC-1、MitoSOX和DCFH-DA染色实验以及检测ATP水平观察PaTu 8988-T和PANC-1细胞KDELR2敲低后的线粒体功能.通过构建裸鼠皮下荷瘤模型观察KDELR2敲低对胰腺癌PANC-1细胞在体生长的影响.结果:KDELR2在人胰腺癌组织及细胞中显著高表达,其高表达水平与胰腺癌患者的病理特征及不良预后密切相关.GO功能和KEGG富集分析表明,KDELR2可能通过调控细胞能量代谢调节胰腺癌细胞生长.敲低KDELR2显著抑制胰腺癌细胞的增殖和迁移能力,过表达KDELR2显著促进胰腺癌细胞的增殖和迁移能力;KDELR2敲低后,胰腺癌细胞线粒体膜电位明显下降,活性氧水平明显升高,ATP水平明显降低(P均<0.05).裸鼠皮下荷瘤模型证实KDELR2敲低显著抑制胰腺癌细胞的在体生长.结论:KDELR2在胰腺癌中显著高表达且与患者不良预后密切相关,KDELR2可能参与调控线粒体的功能影响癌细胞能量代谢.
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编辑人员丨6天前
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肢带型肌营养不良2B型一例
编辑人员丨6天前
肢带型肌营养不良是以骨盆带和肩胛带为主呈进行性肌肉改变的一组肌肉疾病,常在儿童期发病,具有明显的遗传异质性.报道1例因支气管肺炎就诊患儿,经全外显子组测序技术筛选相关基因变异位点,Sanger测序技术验证分析可疑变异位点.发现患儿DYSF基因(NM_003494)存在外显子12位点c.2974T>C(p.W992R)和外显子28位点c.1169A>G(p.D390G)的复合杂合变异,其中位点c.2974T>C(p.W992R)遗传自父亲,位点c.1169A>G(p.D390G)遗传自母亲.按照美国医学遗传学与基因组学学会指南二者均为截断变异(PVS1)且正常人群数据库未收录,均为罕见变异(PM2_Supporting证据),评估为可能致病性变异(likely pathogenic).Sanger测序验证结果与全外显子组测序结果相一致,患儿最终诊断为肢带型肌营养不良2B型.全外显子组测序技术可为肢带型肌营养不良提供基因分析和产前诊断,在临床决策、遗传咨询及再次妊娠计划等方面具有关键性价值.
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编辑人员丨6天前