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新生儿死亡病例的遗传学病因分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨新生儿死亡病例的遗传学病因。方法:收集2018年1月至2020年8月参与复旦大学附属儿科医院“新生儿基因组计划”并在住院期间死亡的98例患儿的病例资料。回顾性分析其基因测序结果及其中可根据遗传学病因进行临床早期针对性干预的情况。并采用 t检验、Mann-Whitney U检验、χ2检验或Fisher确切概率法对基因阳性与阴性患儿的人口学特征和临床特点进行比较。 结果:98例患儿中男55例、女43例,出生胎龄为(33±5)周,出生体重为(2 107±975)g,死亡年龄12(2,34)日龄,早产儿63例,足月儿35例。二代测序检测到16例(16%)患儿存在基因阳性结果,其中11例携带单核苷酸变异,4例携带拷贝数变异,1例同时携带单核苷酸变异和拷贝数变异。检测到的单核苷酸变异分布于12个基因,其中与多系统异常相关的3个,与代谢性疾病、血液系统疾病、呼吸系统疾病、心血管疾病相关的各2个,与骨骼发育相关1个。基因阳性患儿的出生体重、出生胎龄及死亡年龄均大于基因阴性患儿[(2 605±940)比(2 009±957) g,(36±5)比(33±5)周,37(5,69)比11(2,29)日龄; t=2.283、2.131, Z=-2.245; P=0.025、0.036、0.025];基因阳性患儿与基因阴性患儿在出生窒息抢救史方面差异有统计学意义[1/16比46%(38/82), P=0.002]。足月儿遗传学病因诊断率高于早产儿[29%(10/35)比10%(6/63), P=0.022],出生体重≥2 000 g的患儿高于出生体重<2 000 g的患儿[25%(13/51)比7%(3/46),χ2=5.016, P=0.025]。6例患儿可根据遗传学病因进行早期临床干预,干预的方法主要包括特殊饮食、特殊药物、造血干细胞移植以及肺移植。 结论:新生儿死亡病例中的遗传学病因并不少见,主要与多系统异常、代谢性疾病、血液系统疾病、呼吸系统疾病、心血管疾病以及骨骼发育异常相关。部分患儿可根据遗传学病因给予针对性干预。出生体重≥2 000 g、足月出生或无出生窒息抢救史的死亡患儿更需警惕其存在遗传学病因。
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编辑人员丨1周前
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基于凋亡相关长非编码RNA的肺腺癌预后风险模型的构建与验证
编辑人员丨1周前
目的:检测凋亡相关长非编码RNA(lncRNA)对肺腺癌(LUAD)预后的预测能力,并探讨其分子机制。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和高通量基因表达数据库(GEO)分别下载535例和125例LUAD患者转录组和临床信息,筛选出与161个凋亡基因高度相关的lncRNA。通过Cox回归和lasso分析获取预后相关lncRNA并构建预测模型,并验证模型的稳定性。通过肿瘤突变负荷(TMB)、药物敏感性、免疫细胞相关性和基因集变异分析探讨该模型可能的生物学途径及潜在的分子机制。结果:研究构建一个由19个凋亡相关的lncRNA组成的LUAD预后预测模型。通过模型风险评分可将LUAD患者分为高低风险组,高评分与患者总生存率呈负相关( P<0.05)。训练集和测试集中1、3、5年的受试者工作特征曲线下面积(AUC)均>0.7。该评分与患者的临床指标如总分期[Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ+Ⅳ分别为-0.069(-0.256,0.169)比0.063(-0.156,0.309)比0.099(-0.099,0.463), H=16.9, P<0.01]、T分期[T1/T2/T3+T4分别为-0.083(-0.389,0.130)比0.037(-0.165,0.282)比0.180(-0.066,0.392), H=20.8, P<0.01]和N分期[N0/N1/N2+N3分别为-0.055(-0.252,0.201)比0.043(-0.143,0.357)比0.119(-0.064,0.457), H=13.1, P<0.01]成正相关,可作为LUAD的独立预后因素(风险比=3.402,95%可信区间:2.338~4.952, P<0.01)。高评分组患者对Gefitinib的药物敏感性高于低评分组[2.168(2.101,2.239)比2.204(2.153,2.251), Z=11.60, P<0.01],同时对Dasatinib[0.989(0.353,2.056)比1.463(0.809,2.402), Z=11.60, P<0.01]以及Imatinib[4.925(4.873,4.971)比4.937(4.892,4.972), Z=10.60, P<0.05]的药物敏感性也高于低评分组。评分影响肿瘤免疫细胞含量。高风险组TMB高于低风险组[6.105(2.395,12.421)比4.342(1.579,10.237), Z=8.41, P<0.05],且主要富集glycolysis,myc targets v1和mtorc1 signaling等信号通路。 结论:建立基于凋亡相关lncRNA的LUAD预后模型,并验证了该模型的性能。
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编辑人员丨1周前
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药物基因组学与阿片类镇痛药物需求个体化的研究进展
编辑人员丨1周前
阿片类药物作为一种有效的镇痛药被广泛应用于疼痛的治疗。阿片类药物的镇痛效果在不同个体之间存在很大差异,有效的疼痛治疗受到巨大个体差异的阻碍。遗传因素研究与药物基因组学的快速发展使基因变异与阿片类药物使用的相关性越来越密切。文章综述了阿片类镇痛药物需求与基因多态性之间的关系,导致对阿片类药物反应个体差异的不同因素,可能作为预测阿片类药物镇痛作用的候选基因,以及基于相关基因多态性的预测公式在个体化疼痛治疗中的应用等。随着药物基因组学研究的不断深入,个体化疼痛治疗有望得到更大的进步。
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编辑人员丨1周前
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致关节感染皮疽诺卡菌的耐药表型及全基因组测序分析
编辑人员丨1周前
目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌( Nocardia farcinica)进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株,采用全基因组测序对细菌进行鉴定,根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析,通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因,Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌,对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑(TMP/SMX)耐药,对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O,分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因,二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变,均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因,SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系,两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制;皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视,参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。
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编辑人员丨1周前
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左乙拉西坦的药物基因组学与疗效预测研究进展
编辑人员丨1周前
左乙拉西坦(LEV)是第二代广谱抗癫痫药,与其他抗癫痫药相比,具有独特的抗癫痫机制、良好的疗效及耐受性。随着LEV的广泛应用,其不良反应也越来越受到临床关注,尤其是精神相关不良反应。基因多态性可能是造成上述药物反应个体差异性的重要因素。本文以LEV药物基因组学相关的作用靶点、代谢、不良反应相关的遗传变异及疗效预测等研究进展进行综述,为临床实践中癫痫患者应用LEV个体化治疗提供决策,进而提高癫痫患者的生活质量,减轻癫痫患者的疾病负担。
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编辑人员丨1周前
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2016年淮南市外环境H7N9禽流感病毒基因组特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本,选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30),鸡胚分离培养后提取RNA,扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份;2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示,淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内,其余6个内部基因无明显地域分布聚类;HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异,NA茎区缺失了"QISNT"序列,R294K、E119V耐药位点没有发生突变;聚合酶发生PA基因I550L,PB1基因I368V,PB2基因I504V突变;NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变;耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A,M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行,H7N9亚型感染人类的能力有所增强,M2离子通道抑制剂耐药,NA抑制剂仍为敏感有效药物。
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编辑人员丨1周前
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白念珠菌的杂合性丢失事件与抗真菌药物耐药表型相关性研究进展
编辑人员丨1周前
作为具有重要临床意义的病原体,白念珠菌可以在人体多个生态位上广泛定植,尤其会对免疫功能低下的人群产生严重的后果。目前能够使用的抗真菌药物非常有限,然而白念珠菌的基因组又具有较高的变异性,可以帮助其快速适应抗真菌药物带来的压力。因此,该物种的耐药问题仍是威胁临床的巨大隐患。本研究重点关注白念珠菌频繁发生的杂合性丢失(loss of heterozygosity, LOH)事件,总结了LOH与白念珠菌其他基因组变异形式之间的关联,并从新发突变频率、耐药基因的纯合性以及生殖方式等方面进一步探讨其与抗真菌药物耐药之间的相关性。
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编辑人员丨1周前
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单基因组测序分析病毒学失败HIV-1感染者耐药发生特征研究
编辑人员丨1周前
目的:用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化,了解耐药相关突变发生特征。方法:对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行 pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS),分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。 结果:NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR,M184//G190A突变型),在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR,但是CD4细胞计数均低于200个/μl,在治疗4~6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受,2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条 pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%~2.9%),但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异,进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1~2个,另2个病例分别有4和13个突变型,>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后,维持较好的病毒抑制效果。 结论:单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下,感染者体内病毒发生适应性进化,产生复杂的耐药相关突变模式,尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。
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编辑人员丨1周前
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SMC1A基因截短变异致儿童晚发性丛集性癫痫发作1例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:总结 SMC1A基因截短变异患儿的临床表型和基因型特点。 方法:回顾性分析郑州大学附属儿童医院2021年2月收治并确诊的1例 SMC1A基因截短变异致晚发性丛集性癫痫发作患儿的临床资料,总结其临床特征并进行文献复习。 结果:先证者为女性,5岁首次癫痫发作,呈丛集性发作,对多种抗癫痫药物反应差,起病前智力运动及语言发育正常。行全外显子基因组测序示: SMC1A基因存在新发杂合无义变异c.55C>T,p.Gln19Ter(p.Gln19 *),该变异未见报道。共检索到相关文献14篇,结合本例共32例 SMC1A基因截短变异患者,均为女性,其中30例为早发性难治性癫痫患者,首次癫痫发作中位年龄5个月(范围4周至40个月),78.1%(25/32)有丛集性发作,93.8%(30/32)合并智力发育障碍,68.8%(22/32)德朗热综合征临床评分≥4分。基因变异类型:31例为新发变异;32例中移码变异16例,无义变异12例[其中c.2923C>T位点变异3例(9.4%,3/32)],剪切变异4例。 结论:本研究进一步扩展了 SMC1A基因截短变异的临床表型和基因型;女性晚发性丛集性癫痫发作表型少见,国内尚未见相关报道;基因检测有助于遗传性癫痫疾病的早期诊断及精准治疗。
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编辑人员丨1周前
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FOXF1基因变异致肺泡毛细血管发育不良并肺静脉错位患儿1例的诊治及基因分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨1例严重肺动脉高压、呼吸衰竭新生儿的诊治过程及遗传特征。方法:以2021年3月于泉州市妇幼保健院·儿童医院收治的1例患儿作为研究对象。收集患儿的围产期情况、临床表现、实验室及影像学检查结果以及诊治资料。对患儿进行全外显子组测序,对检出的候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:患儿为女性,出生后不久出现进展性呼吸衰竭与顽固性肺动脉高压,机械通气、血管活性药物、吸入一氧化氮等常规治疗无效,经体外膜肺氧合治疗撤机后再发持续性肺动脉高压,家属放弃治疗后死亡。全外显子组测序发现其携带 FOXF1基因c.682_683insGCGGCGGC(p.G234Rfs*148)新发杂合变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评级为致病性变异,证据项为PVS1_Strong+PM2_Supporting+PS2。根据其临床特征及基因检测结果,诊断患儿为肺泡毛细血管发育不良伴肺静脉错位(ACD/MPV)。 结论:FOXF1基因c.682_683insGCGGCGGC(p.G234Rfs*148)的发现丰富了 FOXF1基因的变异谱,为其临床诊治和遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨1周前