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基于FAERS数据库的秋水仙碱相关神经毒性风险分析
编辑人员丨4天前
目的 评价秋水仙碱相关神经系统不良事件(nAEs)的风险及特征,为临床用药安全提供参考.方法 基于美国食品药品监督管理局(FDA)不良事件报告系统(FAERS),检索2004 年1月1日至 2022年12月31日的秋水仙碱相关nAEs报告,采用比例失衡法和贝叶斯分析法对nAEs及缺血性、出血性中枢神经系统血管疾病不良事件进行信号挖掘,并分析事件发生时间及患者结局.结果 共提取秋水仙碱相关nAEs 906 例,报告例数排名前 3 位的不良事件分别是头痛(ROR025=1.09,IC025=0.30)、感觉减退(ROR025=1.79,IC025=1.09)、意识丧失(ROR025=1.62,IC025=0.99),在缺血性和出血性中枢神经血管疾病中均不存在信号.秋水仙碱相关nAEs发生时间中位数为30 d,7.42%的患者死亡.结论 秋水仙碱在缺血性和出血性中枢神经血管疾病中未检测到信号,但临床应警惕一些其他罕见神经毒性不良事件,加强监测.
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编辑人员丨4天前
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基于FAERS数据库的英夫利西单抗不良事件信号挖掘分析
编辑人员丨4天前
目的 挖掘英夫利西单抗不良事件(ADE)信号,为临床用药安全提供参考.方法 收集美国食品药品监督管理局(FDA)不良事件报告系统(FAERS)中建库至2023年第1季度英夫利西单抗相关ADE,利用报告比值比(ROR)法和贝叶斯可信区间递进神经网络(BCPNN)法进行数据挖掘.结果 收集到满足阈值标准的ADE报告数175 930份,获得信号963个,共涉及 26个系统-器官分类(SOC).英夫利西单抗主要ADE表现为胃肠系统疾病,感染及侵染类疾病,全身性疾病及给药部位各种反应,良性、恶性及性质不明的肿瘤和各种肌肉骨骼及结缔组织疾病等,这与药品说明书记录一致.此外,还发现了英夫利西单抗可能导致的心血管疾病、肾损伤和皮肤及皮下组织类等疾病的风险.结论 在应用英夫利西单抗时,除了关注药品说明书中记载的ADE之外,也应密切关注说明书未提及的ADE,以提高患者的用药安全.
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编辑人员丨4天前
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基于营卫理论探讨桂枝-赤芍配伍重塑肿瘤血管微环境的网络药理学机制
编辑人员丨4天前
目的:采用网络药理学方法预测桂枝-赤芍配伍影响肿瘤血管生成的潜在靶点和通路,从分子网络药理学水平探索该配伍重塑肿瘤血管微环境的网络药理学机制.方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索桂枝、赤芍的化学成分和潜在靶点,选择口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18 作为化学成分筛选条件;在GeneCards数据库中检索血管生成的靶点;利用Cytoscape 3.6.0 软件绘制桂枝-赤芍配伍-化合物-靶点-血管生成网络;使用STRING 11.0 在线软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘核心靶点;采用David Bioinformatics Resources数据库对该复方活性成分潜在的靶点网络中的蛋白进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:桂枝-赤芍配伍的 33 种有效成分作用于血管生成过程的 77 个靶点,PPI网络的核心靶点包括蛋白激酶B(Akt)1、JUN、白细胞介素 6、基质金属蛋白酶、血管内皮生长因子A、一氧化氮合酶 2 和缺氧诱导因子-1α等多个蛋白.GO功能富集分析提示,该配伍的关键蛋白主要参与了DNA结合转录激活剂活性、血红素结合、抗氧化活性、核受体活性和转录因子活性等生物过程.KEGG通路富集分析显示,该配伍参与了缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、肿瘤蛋白 53 信号通路、细胞凋亡信号通路、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路和磷脂酰肌醇 3 激酶-Akt信号通路等,提示桂枝-赤芍配伍与肿瘤血管生成的关系最为密切.结论:桂枝-赤芍配伍中的黄芩素、谷甾醇和鞣花酸等成分可能通过HIF-1 信号通路、VEGF信号通路影响肿瘤血管生成,干预肿瘤的生物学行为.
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编辑人员丨4天前
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基于FDA不良事件报告系统数据库的别嘌醇和非布司他不良事件信号挖掘研究
编辑人员丨4天前
目的 基于FDA不良事件报告系统数据库对非布司他、别嘌醇进行不良事件信号挖掘,探索其潜在的用药风险,促进临床合理安全用药.方法 提取FDA不良事件报告系统数据库2017 年第一季度至2022 年第二季度共22个季度有关非布司他、别嘌醇的不良事件报告数据,利用ROR法及PRR法对非布司他、别嘌醇不良事件(AE)进行信号挖掘.结果 别嘌醇AE报告5 060份,集中于≥60 岁患者,累及系统器官分类项目(SOC)共计25 项,主要累及在皮肤及皮下组织类疾病(40.01%),发现说明书中未累及系统12 项,非布司他AE报告905 份,累及SOC共计17 项,主要累及在心脏器官疾病(40.17%),发现说明书中未累及系统2 项.别嘌醇、非布司他累及感染及侵染类疾病(5.51%、0.49%),肝胆系统疾病(5.35%、0.87%),但别嘌醇说明书中均未收录.别嘌醇累及生殖系统及乳腺疾病(0.55%),妊娠期、产褥期及围产期状况(0.03%),但非布司他未发现累及以上SOC.结论 别嘌醇较非布司他,说明书收录不良反应较不充分,新发现的累及SOC及AE为完善别嘌醇说明书不良反应可提供参考.研究发现别嘌醇和非布司他累及SOC差异,可为临床个体化治疗提供参考.
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编辑人员丨4天前
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基于组学数据挖掘及共表达网络模型的小儿肝母细胞瘤核心基因筛选研究
编辑人员丨4天前
目的:基于基因芯片数据挖掘的方法,对小儿肝母细胞瘤预后差异基因进行筛选后,对差异基因的功能及通路进行分析,同时利用共表达网络筛选出决定小儿肝母细胞瘤预后的核心基因并对其预测能力进行评估。方法:本研究中所使用的小儿肝母细胞瘤基因芯片表达谱来自欧洲生物信息学研究所(http://www.ebi.ac.uk/embl/);数据收集的截止日期为2018年12月31日。先通过SAM法筛选得到差异表达基因(基因表达水平上升至原来的2倍或下降至原来的1/2),再基于降维原理通过共表达网络模型筛选得到核心基因,运用MCODE算法计算基因的调控评估能力评分,以评价其在整个网络模型中的调控能力。结果:针对213个差异表达基因的细胞信号通路富集结果显示,富集度最高的信号通路为代谢途径通路,富集度为2 122.529,信号通路富集结果误判率均<0.001,经SAM算法检验均具有统计学意义( P<0.001)。以213个在不同预后组发生差异表达的基因作为共表达网络的构建基础,本次构建得到的共表达网络共纳入12个发生差异表达的基因。以预后不良组为实验组,以预后较好组为对照组,采用MCODE算法计算基因调控能力评分的结果显示,决定小儿肝母细胞瘤预后调控能力评分最高基因为ADH1A基因,得分为19分。此外,HAO1、ADH1B、ALDOB以及DPYS基因的调控能力评分均高于或接近于5分,因此可认为它们是本次构建得到的共表达网络模块中的核心基因。 结论:从共表达网络模型结果来看,ADH1A基因与小儿肝母细胞瘤的发生发展存在较为密切的关联,其分子生物学证据对临床开展肿瘤靶向干预疗法的指导意义有待进一步挖掘。
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编辑人员丨4天前
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恶性胸膜间皮瘤中差异表达基因的预后意义及免疫细胞浸润分析
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)的差异表达基因,研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月,从GEO数据库下载数据集GSE51024,获得MPM(55例)和正常组织(41例)样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因,主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库,确定7个MPM预后相关的关键基因,其中细胞周期蛋白20(CDC20)、细胞周期检测点激酶1(CHEK1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、核糖核苷酸还原酶亚基M2(RRM2)、拓扑异构酶2A(TOP2A)、泛素样含植物同源结构域和环指域1(UHRF1)在MPM中的表达上调,周期调节蛋白A1(CCNA1)表达下调;CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联( P<0.05)。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关( P<0.05),与中性粒细胞均呈负相关( P<0.05)。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物,其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。
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编辑人员丨4天前
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前列腺癌差异基因表达及信号通路的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息挖掘技术对前列腺癌基因表达谱进行分析后得到差异基因及所涉及生物学信号通路。方法:使用生物信息挖掘技术对GSE46602、GSE55945、GSE69223基因表达谱芯片数据集进行分析后取交集得到差异表达基因(DEGs),后使用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及生物信号通路(KEGG)富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape的cytoHubba应用程序得到蛋白互作(PPI)网络及关键基因并进行排序,最后将所得关键基因在TCGA数据库中进行验证。结果:通过对GEO数据库前列腺癌的3个数据集使用R软件等工具进行分析,总共发现了225个DEGs,其中55个表达上调、170个表达下调。通过GO功能富集分析及KEGG通路分析发现这些基因富集在细胞迁移调节和血管生成等功能中,以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶(PI3K/Akt)和p53等信号上。构建DEGs的PPI互作网络并通过cytoHubba筛选出最重要的10个基因并与TCGA数据库数据进行对比,发现碱性螺旋环螺旋转录因子1(TWIST1)、Snail家族转录抑制因子2(SNAI2)、血管内皮生长因子受体2(KDR)等在前列腺癌发生发展中起重要作用的关键基因。结论:通过深层次的生物信息挖掘或许可以让人们进一步了解前列腺癌的发生发展,为将来前列腺癌的诊断及治疗提供新的靶点。
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编辑人员丨4天前
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基于美国FDA不良事件报告系统数据库的GD2单抗不良事件风险信号挖掘
编辑人员丨4天前
目的:了解达妥昔单抗、达妥昔单抗β和那西妥单抗3种双唾液酸神经节苷脂(GD2)单克隆抗体(单抗)的不良事件(AE)风险信号,为临床安全用药提供参考。方法:收集美国FDA不良事件报告系统(FAERS)数据库中2015年至2023年第2季度以达妥昔单抗、达妥昔单抗β和那西妥单抗为首要怀疑和次要怀疑药物的AE报告。根据《国际医学用语词典》25.0版中的首选术语(PT)和系统器官分类(SOC)对AE进行标准化和分类,采用报告比值比(ROR)法和信息成分(IC)法进行AE风险信号挖掘。对3种GD2单抗的AE报告信息和AE风险信号进行描述性分析。结果:共收集到以3种GD2单抗为首要怀疑和次要怀疑药物的AE报告630例,包括达妥昔单抗465例、达妥昔单抗β 61例和那西妥单抗104例,涉及PT为341、24和125种,分别映射在19、2和12个SOC中。3种GD2单抗相关AE中,均有出现死亡、威胁生命、住院或住院时间延长不良结局的患者。采用ROR法和IC法进行信号挖掘,共检测出AE风险信号142、3和30个,其中未在相应药品说明书中记录的分别为73、0和6个。报告数居首位的PT,达妥昔单抗和达妥昔单抗β均为发热,那西妥单抗为低血压和疼痛;信号强度居首位的PT,达妥昔单抗、达妥昔单抗β和那西妥单抗分别为穿刺部位脓肿、器械相关的菌血症和喘鸣。3种药物重叠的AE风险信号为发热和疼痛,达妥昔单抗发热信号强度最强,那西妥单抗疼痛信号强度最强。在AE报告数前30位的PT中,那西妥单抗在呼吸系统、胸及纵隔疾病,皮肤及皮下组织类疾病,免疫系统疾病,血管与淋巴管类疾病的AE风险信号明显多于达妥昔单抗。那西妥单抗AE风险信号中,不同于达妥昔单抗且未在说明书中记录的PT为呼吸异常、发绀和代谢性酸中毒。结论:发热、疼痛和低血压为3种GD2单抗常见AE。那西妥单抗引起疼痛明显,呼吸异常、发绀和代谢性酸中毒为该药独有且未在说明书中记录的AE风险信号,临床应予警惕并及时干预。
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编辑人员丨4天前
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先天性小耳畸形差异性信使RNA表达谱与生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学对先天性小耳畸形基因调控网络进行分析。方法:采用安捷伦全基因组外显子微阵列芯片鉴定2017年5月至2018年8月中国医学科学院整形外科医院收治的3例先天性小耳畸形伴健侧耳较普通人明显增大者的小耳残耳软骨与健侧耳软骨的表达谱,获取差异表达基因,通过聚类分析,使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体论与生物学信号通路富集分析。运用STRING数据库,Cytoscape软件及插件对差异基因进行蛋白质互作分析,利用GeneCards数据库对相关基因功能进行注释。结果:通过对数据筛选、排除,共获得差异基因124个,其中下调93个,上调31个。差异基因主要涉及细胞外基质构成,对应力刺激反应,骨骼及软骨形成等方面,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3/蛋白激酶(PI3K-Akt)信号通路等。构建差异基因蛋白互作网络,发现EYA转录辅激活因子和磷酸酶1(EYA1),Ⅱ型胶原蛋白α1链(COL2A1),软骨寡聚基质蛋白(COMP)等可能在先天性小耳畸形软骨病变发生中起重要作用。结论:通过对先天性小耳畸形病例基因进行生物信息学挖掘,有助于了解疾病的病因学,为先天性小耳畸形的预防提供新的基因靶点。
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编辑人员丨4天前
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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨4天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨4天前