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基于高通量测序技术的玄参对大鼠有效性和安全性研究
编辑人员丨19小时前
目的 研究玄参干预对大鼠基因表达谱的影响,探讨玄参干预对大鼠的潜在保护和毒性作用及其机制.方法 将20只雄性SD(Sprague-Dawley)大鼠随机分为玄参组和空白组,每组10只.玄参组大鼠给予玄参提取物1350 mg· kg-1灌胃,空白组灌胃给予等容积0.9%氯化钠溶液,均为1次/d,连续15 d.分别于灌胃15 d后,检测肝脏组织的基因表达谱,通过时间序列趋势分析软件(Short Time-Series Expression Miner,STEM)筛选具有趋势表达的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析.结果 玄参组筛选76个DEGs,其中28个上调,48个下调,与对照组相比,差异均具有统计学意义(P<0.05).KEGG通路分析结果显示,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、无翅型小鼠乳腺肿瘤病毒整合位点(Wingless-Type MMTV Integration Site Family,Wnt)、转化生长因子-β(Transforming growth factor-β,TGF-β)、非受体酪氨酸激酶家族-信号转导子和转录激活子(Janus Kinase-Signal Transducer and Ac-tivator of Transcription,Jak-STAT)、核因子激活的 B 细胞的 κ-轻链增强(nuclear factor kappa-B,NF-κB)、Toll 样受体(Toll-like receptor)、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)、催产 素(Oxyto-cin)、神经生长因子受体(TNFRSF16)相关蛋白 1[nerve growth factor receptor(TNFRSF16)associatedprotein 1,Ngfrap1]和神经营养因子受体相关死亡结构域(neurotrophin receptor associated death domain,Neurotrophin)这9条信号通路,包含Mecom、Amhr2、Pias2、Ticam2、Cyp7a1、Ngfrap1和Nfatc4这7个靶基因.经查阅文献,Mecom可能为表征玄参对大鼠潜在保护作用的靶基因,而另外6种则可能为表征玄参对大鼠潜在毒性作用的靶基因.结论 玄参作用的两重性,既可对机体产生预防和治疗作用,也会产生潜在的不良反应.
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编辑人员丨19小时前
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X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系TRAPPC2基因缺失突变的高通量测序分析
编辑人员丨19小时前
目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型.方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA.应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中与罕见遗传性疾病相关的致病区域,并进行高通量测序,过滤去除高频突变.采用外显子组隐马尔科夫模型(exome hidden Markov model,XHMM)分析拷贝数变异(copy number variant,CNV),并进一步对6名家系成员基因缺失片段的拷贝数进行实时定量PCR分析.结果·高通量测序分析结果显示,先证者X染色体存在2.5 kb缺失(chrX:13 732 385~13 734 927),该区域覆盖转运蛋白复合体亚单位2(transport protein particle complex subunit 2,TRAPPC2)基因的第4~6个外显子.定量PCR结果证实先证者及其表哥均存在该缺失,先证者母亲为杂合缺失,先证者父亲、姐姐和表型正常的舅舅拷贝数均正常.结论·TRAPPC2基因第4~6个外显子片段的缺失为SEDT的致病性突变;同时高通量测序分析中运用XHMM算法可检测到致病基因多个外显子的缺失.
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编辑人员丨19小时前
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气道压力释放通气通过调控ITGB4相关通路减轻ARDS肺部炎症的机制研究
编辑人员丨1周前
目的 分析气道压力释放通气(APRV)和小潮气量通气(LTV)对急性呼吸窘迫综合征(ARDS)炎症的影响,探讨不同机械通气模式对ARDS机械应力相关的作用及机制.方法 构建巴马小型成年猪重度ARDS模型,应用LTV与APRV通气模式,进行48 h机械通气治疗,分为空白对照组(control组,n=3)、疾病对照组(ARDS组,n=3)、LTV机械通气组(LTV组,n=4)以及APRV机械通气组(APRV组,n=4).观察两种通气模式对氧合指数、炎症因子的影响.对肺组织进行高通量测序,并在蛋白层面验证差异基因ITGB4对ARDS机械通气后炎症的影响.使用A549细胞系构建APRV样牵张模型及LTV样牵张模型,进行4 h体外牵张实验,探讨两种牵张模式通过ITGB4对细胞炎症因子分泌的影响.使用小干扰RNA(siRNA)沉默ITGB4表达,比较 LTV+siRNA 组与 APRV+siRNA 组 ITGB4-FAK-p38-MAPK-IL-8 通路表达差异.使用 p38 抑制剂(SB203580)对细胞进行干预,比较LTV+SB203580组和APRV+SB203580组IL-8表达水平的差异.结果 重度ARDS造模成功后,通气48 h,APRV组肺泡灌洗液及肺组织中IL-6、IL-8水平显著低于LTV组(P<0.05),而两组IL-1、TNF-α差异无统计学意义(P>0.05).转录组高通量测序结果显示,机械通气后细胞外基质受体交互通路及黏着斑信号通路显著富集.在肺组织中,APRV组ITGB4、p-FAK、p-p38蛋白表达水平显著低于LTV组(P<0.05).细胞牵张模型在体外细胞中复现LTV与APRV样牵张,周期性牵张4 h使细胞IL-8水平显著升高(P<0.05),IL-6水平无明显变化(P>0.05).APRV组的IL-8、ITGB4、p-FAK和p-p38表达水平显著低于LTV组(P<0.05).沉默ITGB4可以显著下调机械牵张后APRV组与LTV组p-FAK、p-p38的表达水平,APRV+siRNA组下调趋势明显,但相较LTV+siRNA组差异无统计学意义(P>0.05).使用p38抑制剂后,相较于LTV+SB203580组,APRV+SB203580组p-p38磷酸化水平显著下调(P=0.032).结论 APRV机械通气模式通过ITGB4-p38-MAPK通路显著改善重度ARDS后炎症因子IL-8的分泌,可能为ARDS治疗提供潜在的干预靶点.
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编辑人员丨1周前
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宏基因组病原学测序在下呼吸道感染的诊断价值和应用进展
编辑人员丨1周前
下呼吸道感染(lower respiratory tract infection,LRTI)迄今仍是全球关注的重大卫生问题,及时准确地检出感染病原体是该病对因治疗的关键.现有各类微生物检测方法尚难满足日益发展的临床病原诊断需求.宏基因组下一代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)作为高通量、广覆盖、灵敏快速、无需预判的新型检测技术,可极大地提高感染性疾病的病因诊断率.本文综述了 mNGS的概念、技术优势、在LRTI病原诊断的临床应用现状、以及mNGS当前面临的部分责任病原体序列数低,或与背景菌区分鉴别困难的挑战,并从技术和临床不同层面提出了应对措施和未来展望.
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编辑人员丨1周前
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阴道菌群与HPV感染及宫颈病变的相关性研究进展
编辑人员丨1周前
宫颈癌是女性常见的恶性肿瘤,高危型人乳头瘤病毒的持续性感染是导致宫颈癌前病变发生并进展为宫颈癌的必要不充分条件.女性生殖道表面定植着众多微生物,以乳酸杆菌主导的健康阴道菌群对人体起着关键性的保护作用.随着高通量测序技术的发展,通过16SrRNA测序、宏基因组学测序等新的分子技术实现了对阴道菌群的准确分析.乳酸杆菌缺乏伴随多种厌氧菌增加的阴道菌群失调与HPV感染、宫颈病变发生发展密切相关.本文对阴道菌群与HPV感染及宫颈病变的相关性研究进行综述,并总结了种族、激素水平等因素对阴道菌群的影响,归纳了阴道菌群的相关检测手段,为HPV感染和癌前病变的研究提供新的思路,为进一步研究女性生殖道疾病的病因及发病机制提供科学依据,为预防以及治疗相关疾病奠定基础.
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编辑人员丨1周前
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Hsa_circ_0007067在子宫内膜样癌中的表达及临床意义
编辑人员丨1周前
目的:子宫内膜癌是女性生殖系统常见的恶性肿瘤,以子宫内膜样癌(endometrioid adenocarcinoma,EEC)最常见,其发病机制目前尚不清楚,已有研究证明环状RNA(circular RNA,circRNA)的表达与EEC的进展有关.本研究旨在检测hsa_circ_0007067在EEC中的表达,并探讨Hsa_circ_0007067与EEC临床病理特征的关系.方法:应用高通量测序分析2例EEC组织和2例正常子宫内膜组织基因表达水平,以|log2(Fold changes)|≥1.5且P<0.05为筛选标准,选择下调最显著的hsa_circ_0007067为研究对象,应用实时聚合酶链反应(real-time PCR)检测36例EEC组织(EEC组)和36例正常子宫内膜组织(对照组)中hsa_circ_0007067的相对表达量.生物信息学分析预测hsa_circ_0007067的结合位点和编码能力.结果:EEC组中hsa_circ_0007067表达水平显著低于对照组(P<0.05),且表达水平与国际妇产科联盟(Inter-national Federation of Gynecology and Obstetrics,FIGO)分期和组织分化程度有关;受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线显示曲线下面积(area under curve,AUC)为0.936,敏感度为0.833,特异度为0.889,最佳截断值为0.722,差异具有统计学意义(P<0.05).Hsa_circ_0007067具有翻译成多肽的潜能,circbank数据库预测其miRNA潜在结合位点共24个.结论:Hsa_circ_0007067与EEC的发生、发展相关,可能通过与下游靶基因miRNA结合或编码蛋白质功能影响EEC的进程,有望作为EEC早期筛查和判断预后的分子指标.
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编辑人员丨1周前
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循环肿瘤DNA检测的临床应用和挑战
编辑人员丨1周前
循环肿瘤DNA(ctDNA)在肿瘤药物疗效预测、耐药监测、高危人群筛查、鉴别诊断、微小残余病变监测和预后判断等方面都展现出潜的在应用价值。其中基于ctDNA特定基因突变的标志物已写入部分肿瘤的临床诊疗指南,用于预测肿瘤药物疗效和监测耐药,国内外也有少量批准的伴随诊断试剂用于临床实验室检测。但是,大部分ctDNA相关标志物的临床有效性仍然处于医学研究阶段。实验室自建方法(LDT)的建立和性能确认,也是目前ctDNA临床应用亟需解决的问题。目前的ctDNA临床应用,是机遇和挑战并存的。
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编辑人员丨1周前
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高通量基因测序检测染色体拷贝数变异与染色体核型分析在产前诊断中联合应用的价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation sequencing, CNV-seq)与染色体核型分析在产前诊断中联合应用价值。方法:收集2016年1月至2018年12月在枣庄市妇幼保健院进行产前诊断的905例羊水标本的G显带核型分析和CNV-seq结果,并对CNV-seq提示可疑致病性或临床意义未明的拷贝数变异(copy number variants, CNVs)进行变异来源的亲本分析。结果:除罗氏易位引起的染色体数目异常外,CNV-seq对G显带核型分析确诊的70例染色体数目异常,9例染色体嵌合体异常和7例染色体非平衡性结构异常均成功确诊并且额外多发现10例致病性明确的染色体微缺失/微重复。CNV-seq与G显带核型联合使用能将染色体异常阳性率从11.27%(102/905)提高到12.38%(112/905)。对33例存在可疑致病性CNVs或临床意义未明CNVs (variats of uncertain significance, VUS)胎儿样本的亲本验证分析表明,81.82% (27/33)的胎儿可疑致病性CNVs或VUS源于父母遗传,仅有18.18% (6/33)源于新发变异。结论:CNV-seq与G显带核型联合使用能多发现1.11%的致病性明确CNVs,可以有效减少G显带核型分析无法检测的染色体微缺失/微重复综合征缺陷儿的出生。同时,对可疑致病性CNVs和VUS进行父母亲本家系验证有助于确定CNVs的来源和遗传咨询。
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编辑人员丨1周前
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近亲婚配所致四氢生物喋呤缺乏症家系的 GCH1基因变异分析
编辑人员丨1周前
目的:分析1例表现为全面性发育迟缓的四氢生物蝶呤缺乏症患儿家系遗传学病因。方法:对1例全面发育迟缓患儿进行临床和实验室检查分析,并应用高通量测序技术(高苯丙氨酸血症相关基因panel)对患儿进行基因变异检测,对可疑序列变异进行患儿及其家系成员的Sanger测序验证及生物学信息学分析。结果:患儿血串联质谱检查结果:血苯丙氨酸浓度642.7 μmol/L,血Phe/Tyr为5.42,提示高苯丙氨酸血症;尿喋呤分析结果为:新喋呤0.09 mmol/molCr,生物喋呤0.04 mmol/molCr,B% 30.77%,提示四氢生物喋呤缺乏症;该家系中先证者父母为近亲结婚。基因测序结果显示先证者为 GCH1基因c.353A>T纯合变异,家系中先证者的外曾祖母、曾祖母、外祖父、祖父、母亲、舅舅、父亲、哥哥均为 GCH1基因c.353A>T携带者,表型正常,无多巴反应性肌张力障碍相关临床症状。 结论:GCH1基因c.353A>T纯合变异可能是先证者的遗传学病因,与先证者父母近亲婚配有关。
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编辑人员丨1周前
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GDAP1基因c.1A>G新变异致常染色体隐性腓骨肌萎缩症的家系分析
编辑人员丨1周前
目的:对1个腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth,CMT)家系进行全基因组测序,为临床诊断和遗传咨询提供依据。方法:应用高通量基因测序(next generation sequencing technology,NGS)检测CMT的致病基因位点,筛查各成员携带致病基因的情况。结果:测序结果显示家系中两例患儿的 GDAP1基因存在c.1A>G纯合变异,导致编码蛋白第1位氨基酸由Met变为Val(p.Met1Val),为错义变异,其父母均携带c.1A>G杂合变异;目前尚无该变异的相关报道,在人群中发生的频率极低。另外家系中1例患儿和母亲携带 BAG3基因c.710A>T杂合变异。 结论:GDAP1基因c.1A>G纯合变异可能为该家系患儿的致病原因,基因测序结果为患儿的临床诊断和遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨1周前