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胶质母细胞瘤恶性进展中不同细胞亚群的动态轨迹和细胞通讯网络
编辑人员丨6天前
目的:探索胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)恶性进展过程中细胞亚群的动态轨迹以及免疫细胞亚群之间的通讯网络,结合GBM患者的转录组数据和临床信息,挖掘GBM恶性进展过程中的关键风险标志物,以期为该疾病的治疗和预后提供科学依据.方法:基于单细胞测序数据分析方法,构建GBM恶性进展中的细胞亚群图谱,利用Monocle2技术构建GBM恶性进展中肿瘤细胞亚群的动态进展轨迹,基于基因富集分析,挖掘肿瘤细胞亚群随GBM恶性进展中显著变化的基因所富集的生物学过程,利用CellChat软件识别不同免疫细胞亚群间的复杂通讯网络,通过生存分析识别GBM恶性进展中影响患者预后的关键风险分子标记物.结果:单细胞测序数据分析识别出6种不同的细胞类型,包括淋巴细胞、周细胞、少突神经胶质细胞、巨噬细胞、胶质瘤细胞、小胶质细胞,单细胞数据集中了 27 151个细胞,其中包含3 881个来源于低级别胶质瘤患者的细胞,10 166个来源于新诊断GBM患者的细胞,13 104个来源于复发性胶质瘤患者的细胞.胶质瘤细胞亚群逆时序分析提示,胶质瘤细胞亚群在恶性进展中存在着明显的细胞异质性;免疫细胞亚群的细胞相互作用分析揭示,GBM恶性进展中不同免疫细胞亚群之间的通讯网络共识别出22条具有生物学意义的配体-受体对,涉及12条通路;生存分析识别出8个与GBM患者预后密切相关的基因,其中SERPINE1、COL6A1、SPP1、LTF、C1 S、AEBP1、SAA1L是GBM患者的高风险基因,ABCC8是GBM患者的低风险基因.结论:深入揭示了 GBM恶性进展中胶质瘤细胞亚群的动态变化以及免疫细胞亚群之间的通讯模式,对于理解GBM的复杂生物学过程具有重要意义,为GBM的精准医疗和治疗决策提供了科学依据,也为GBM患者更准确的预后评估提供了新的线索.
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编辑人员丨6天前
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ATP结合盒转运子E1在胶质瘤组织的表达及其与细胞增殖、凋亡和转移关系
编辑人员丨6天前
目的:探讨ATP结合盒转运子E1(ABCE1)在胶质瘤组织的表达及其与细胞增殖、周期和转移的关系。方法:选取安阳市人民医院和河南省肿瘤医院2018年12月到2020年12月手术收集的71例神经胶质瘤和癌旁组织作为研究对象,采用蛋白质免疫印迹(Western blot)分析ABCE1蛋白表达水平。将神经胶质瘤细胞U251分为对照组和ABCE1 KD组,分别采用对照短发卡RNA(shRNA)和ABCE1 shRNA慢病毒感染建立稳定细胞系,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和克隆形成实验分析两组细胞增殖;采用流式细胞术分析两组细胞凋亡变化;采用划痕实验和Transwell分析两组细胞迁移能力;采用Western blot分析两组细胞凋亡和迁移相关蛋白表达水平。计量数据比较采用 t检验。 结果:癌旁组织ABCE1蛋白表达水平(0.87±0.12)明显低于神经胶质瘤组织(2.09±0.22),差异有统计学意义( t=3.109, P<0.05)。对照组细胞吸光度值(1.88±0.22)明显高于ABCE1 KD组(1.30±0.18),差异有统计学意义( t=2.019, P<0.05)。克隆形成实验结果显示,对照组细胞克隆形成率[(59.32±6.09)%]明显高于ABCE1 KD组[(30.12±4.99)%],差异有统计学意义( t=5.891, P<0.05)。对照组细胞凋亡率[(3.01±0.34)%]明显低于ABCE1 KD组[(19.43±3.09)%],差异有统计学意义( t=3.011, P<0.05)。对照组细胞迁移数量[(97.43±5.89)个]明显高于ABCE1 KD组[(57.91±4.32)个],差异有统计学意义( t=4.009, P<0.05)。对照组细胞半胱氨酰天冬氨酸特异性蛋白酶(Caspase)-3蛋白表达水平(1.38±0.31)明显低于ABCE1 KD组(2.01±0.23),差异有统计学意义( t=3.118, P<0.05)。对照组细胞黏着斑激酶(FAK)蛋白表达水平(1.19±0.15)明显高于ABCE1 KD组(0.55±0.19),差异有统计学意义( t=2.791, P<0.05)。 结论:ABCE1蛋白神经胶质瘤组织中表达水平显著增加,并参与胶质瘤细胞的增殖、凋亡和迁移等恶性细胞生物学过程。
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编辑人员丨6天前
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长非编码RNA 00467基于竞争性内源RNA调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因参与胶质瘤细胞免疫及耐药的机制
编辑人员丨6天前
目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析,筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因),确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对,进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA,miR)-lncRNA关系对,确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织,应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析,发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调,3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调,3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选,确定LINC00467-RIPK3为研究对象,发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达,且呈正相关( r=0.66, P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达,bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分,分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示,RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示,胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20, t=8.94、9.38, P<0.01),而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33, t=-2.17, P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。
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编辑人员丨6天前
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S100钙结合蛋白A11在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义
编辑人员丨6天前
目的:分析S100钙结合蛋白A11(S100A11)在脑胶质瘤患者中的表达特征及其临床意义。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中310例脑胶质瘤患者的临床资料和转录组测序结果。根据患者的病理学特征,评价S100A11在不同分组中的表达特征。同时选用癌症基因组图谱(TCGA)RNA测序数据库中的611例脑胶质瘤患者对其进行验证。采用Kaplan-Meier生存曲线判断S100A11表达量对脑胶质瘤患者生存期的影响。进一步采用单因素和多因素Cox回归分析法评估S100A11表达量是否为影响患者预后的独立危险因素。通过生物信息学分析法获得与S100A11相关基因的生物学功能,以判断S100A11参与脑胶质瘤恶性进展的可能机制。结果:在CGGA数据库中,S100A11的表达量随肿瘤世界卫生组织(WHO)分级的升高而增加(Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级依次为:-0.78±0.69、-0.12±0.80、0.62±0.84, F=96.250, P<0.001);S100A11在间质型、异柠檬酸脱氢酶( IDH)野生型和O 6-甲基鸟嘌呤-DNA-甲基转移酶(MGMT)启动子非甲基化型脑胶质瘤中的表达水平更高(均 P<0.001);在2016年WHO中枢神经系统肿瘤分类中,S100A11在 IDH野生型低级别胶质瘤和 IDH野生型胶质母细胞瘤中均具有较高的表达(均 P<0.001)。S100A11高表达者的总体生存率明显低于低表达者( P<0.05)。S100A11的上述表达特征在TCGA RNA测序数据库中得到相似的结果。多因素Cox回归分析结果显示,S100A11高表达是影响脑胶质瘤患者预后的独立危险因素( HR=1.227,95% CI:0.963~1.538, P=0.014),可用于判断预后。S100A11可能与脑胶质瘤细胞的免疫反应、细胞外基质调控等生物学过程有关。 结论:S100A11在脑胶质瘤中的表达量与其恶性程度相关,可能通过影响肿瘤细胞的免疫反应参与脑胶质瘤的恶性进展;S100A11可能成为脑胶质瘤患者预后判断的指标及治疗靶点。
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编辑人员丨6天前
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环状RNA翻译能力在胶质瘤中的研究进展
编辑人员丨6天前
环状RNA是一类具有共价闭环结构的单链非编码RNA。联合深度测序、生物信息学和分子生物学方法的研究证实,环状RNA具有翻译功能,其编码的蛋白质或多肽能够调控胶质瘤的发生、进展和放化疗抵抗等恶性生物学行为。本文综述了环状RNA的生物发生、功能机制,尤其是翻译机制和相关研究方法,并系统总结了环状RNA的翻译功能在胶质瘤领域的研究进展,以期为胶质瘤发病机制的研究和临床治疗提供参考。
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编辑人员丨6天前
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脑胶质瘤的突触机制研究进展
编辑人员丨6天前
脑胶质瘤是颅内最常见的原发性恶性肿瘤,增殖和侵袭是其重要的特征,胶质瘤进展相关机制研究较多,但这些研究并未很好的转化为有效的治疗手段。最近,肿瘤突触相关机制的研究为探讨脑胶质瘤的生理学和病理学背后的特定分子机制提供了新的思路和理解,胶质瘤细胞中的肿瘤微管会和正常神经元形成功能性化学突触,神经元的电活动通过神经元胶质瘤突触结构激活肿瘤细胞间钙信号网络,导致多级细胞致癌信号级联和神经元细胞骨架重塑机制启动,进而促进胶质瘤细胞的增殖和侵袭。本文将围绕胶质瘤相关的突触机制研究作一综述,总结当前胶质瘤相关电生理机制领域的研究动态,以期为进一步的研究方向提供理论支持和指导。
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编辑人员丨6天前
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基于生物信息学筛选胶质瘤预后相关的甲基化调控差异表达基因
编辑人员丨6天前
目的:筛选与胶质瘤患者预后相关的差异表达基因(DEGs)并预测其潜在生物学功能。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)数据集下载胶质瘤mRNA数据集、中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据集下载胶质瘤甲基化数据集,进行差异分析并取交集。对差异化基因进行生物功能及通路富集分析( P<0.05),使用STRING和Cytoscape构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),筛选核心基因。利用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库对筛选出核心基因进行表达验证及生存分析( P<0.05)。 结果:在不同级别胶质瘤的差异化分析中共识别出3个上调DEGs和25个下调DEGs,PPI分析得出11个核心基因。这11个基因生物功能富集主要是神经再生( P<0.01),信号通路富集主要是羟色胺能神经突触( P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,其中9个DEGs的高表达与患者总生存率呈正相关( P<0.01)。 结论:筛选出的DEGs参与胶质瘤的恶性进展,从而影响患者预后。
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编辑人员丨6天前
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细胞周期蛋白依赖性激酶及其抑制剂在胶质母细胞瘤治疗中的研究进展
编辑人员丨6天前
脑胶质瘤是最常见的颅内原发性恶性肿瘤,其中胶质母细胞瘤预后差,治疗效果欠佳。细胞周期蛋白依赖性激酶是一组丝氨酸或苏氨酸蛋白激酶,主要参与细胞周期和基因转录的调控。细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂可以通过多种途径抑制肿瘤细胞的异常分裂和增殖,其在癌症治疗中发挥着越来越重要的作用。本文针对胶质母细胞瘤治疗中的细胞周期蛋白依赖性激酶及其抑制剂进行综述,以期对胶质母细胞瘤的临床治疗提供参考。
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编辑人员丨6天前
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微小RNA-497在恶性胶质瘤组织的表达及临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨恶性胶质瘤组织中微小RNA(miR)-497表达特性及临床预后的关系。方法:2015年1月至2019年7月收集南方医科大学附属珠江医院25例胶质瘤组织,16例非肿瘤病变正常脑组织组织,分为实验组及对照组。荧光实时定量聚合酶链反应(PCR)测定胶质瘤组织和正常脑组织中miR-497、Wnt3a表达,线性相关分析miR-497与Wnt3a之间的关系。根据miR-497表达量高低分为高表达组、低表达组,生存分析(Kaplan-Meier分析)无病生存曲线和总生存曲线,分析miR-497表达与胶质瘤预后之间的关系。两独立样本 t检验比较胶质瘤组织和非肿瘤正常脑组织中miR-497平均表达水平;采用单因素方差分析比较实时荧光定量PCR检测结果中各个细胞株ΔCt值的差异(One-way ANOVA)。 结果:实时荧光定量PCR检测胶质瘤组织中miR-497的表达(1.29±0.61)低于正常脑组织(5.76±1.45, t=3.215, P<0.05),差异有统计学意义。胶质瘤组织中miR-497和Wnt3a基因RNA之间表达明显相关,miR-497和Wnt3a基因表达呈负相关( P<0.05)。高表达miR-497组与低表达miR-497组胶质瘤患者的Kaplan-Meier无病生存曲线和总生存曲线,miR-497表达高的胶质瘤患者无病生存率和总生存率显著高于miR-497低表达者,差异有统计学意义( t=5.147, P<0.05)。 结论:恶性胶质瘤中miR-497表达下调,Wnt3a表达上调。miR-497表达高的胶质瘤患者无病生存率和总生存率显著高于miR-497低表达者。miR-497表达水平可能与恶性胶质瘤预后明显相关。
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编辑人员丨6天前
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肝癌衍生生长因子在胶质瘤中的作用及研究进展
编辑人员丨6天前
肝癌衍生生长因子(HDGF)是具有多功能的一种特殊蛋白,可作为生长、血管生成因子和抗凋亡因子以及抗癌治疗的潜在靶分子,参与各种恶性疾病的发生和发展过程,由于HDGF与许多恶性肿瘤的生长及进展有着紧密联系,在临床上可作为肿瘤患者的进展潜在标志物,其表达水平可作为一个独立的预后因素,用于预测包括神经胶质瘤在内的各种恶性肿瘤患者的无疾病生存期和总体存活率。本文概述了HDGF的特征,并描述了HDGF作为胶质瘤血管生成因子的潜在作用,为临床胶质瘤的精准诊疗以及作为预后标志物提供依据和参考。
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编辑人员丨6天前