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南充市昆虫传粉网络及其对主要授粉作物传粉服务价值研究
编辑人员丨4天前
[目的]查明四川省南充市传粉昆虫资源,研究当地植物-昆虫的传粉网络,评估传粉昆虫对该市主要授粉作物的传粉服务价值及其对农业生产的贡献.[方法]2021-2022年采用随机网捕采集、样方调查传粉昆虫资源、构建传粉网络,通过套袋隔离试验测定作物对昆虫的传粉依存度,并依据2020年南充市相关农林经济数据评估了昆虫的传粉服务价值和经济贡献率.[结果]2021-2022年从南充市共调查到传粉昆虫79种,隶属于18科50属,授粉农作物和野生蜜源植物有59种,隶属于20科50属;传粉网络呈现低连接度、中嵌套度、低等网络特化程度的结构特征;2020年南充市传粉昆虫的传粉服务价值为332 501.76~507 279.12万元,占当年农业生产总值的8.45%~12.88%.[结论]南充市的传粉昆虫资源丰富,为当地的蔬菜、水果和油料作物生产提供了充分的传粉服务;南充市传粉网络的特征明显,传粉昆虫能够维持生态系统稳定和植物物种多样性;主要授粉作物对昆虫传粉的依赖程度高,农业生产与传粉昆虫之间关系紧密,保护传粉昆虫资源有助于保障南充市农业生产,并维持野生植物群落的稳定.
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编辑人员丨4天前
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间质干细胞成骨过程中外泌体内miRNA-222-5p对肌腱细胞损伤的修复作用及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨间质干细胞成骨过程中外泌体转运的miRNA-222-5p对肌腱细胞损伤的修复作用及其机制。方法:收集、分离和鉴定间质干细胞外泌体。小鼠跟腱切断后1周安乐死后取其肌腱,分离培养肌腱细胞,得到肌腱细胞损伤模型(损伤组);将成骨分化过程中的间质干细胞与肌腱细胞共培养(共培养组);将miRNA-222-5p模拟物转染进间质干细胞,成骨分化过程中的间质干细胞与肌腱细胞共培养(miRNA-222-5p组)。通过克隆形成、Transwell观察间质干细胞分泌外泌体及外泌体转运的miRNA-222-5p对肌腱细胞损伤修复的能力;qPCR、Western-blot和荧光染色检测成软骨和成骨相关蛋白的相对mRNA和相对蛋白表达水平;通过Western-blot检测信号通路因子的表达。结果:电镜观察外泌体直径为40~100 nm,形态为典型的杯口状结构。外泌体标志蛋白热休克蛋白70、多配体聚糖结合蛋白1、肿瘤转移抑制因子9、肿瘤转移抑制因子63和肿瘤易感基因101的相对表达量分别为2.56±0.22、2.06±0.42、1.96±0.32、1.94±0.38、1.86±0.33,与正常对照组比较差异均有统计学意义( P<0.05)。克隆形成试验后细胞群落数量:损伤组(4.00±0.58)个、共培养组(7.25±0.48)个、miRNA-222-5p组(16.00±1.35)个,差异有统计学意义( F=46.550, P<0.001)。Transwell试验后细胞数量:损伤组(37±4)个、共培养组(78±3)个、miRNA-222-5p组(168±8)个,差异有统计学意义( F=454.100, P<0.001)。qPCR、Western-blot和荧光染色检测结果显示,与损伤组相比,共培养组细胞中Sry相关HMG盒9、Ⅱ型胶原纤维α1基因、蛋白聚糖、骨形态发生蛋白2、Runt相关转运因子2和骨桥蛋白的mRNA和蛋白质表达量增加;与共培养组相比,miRNA-222-5p组细胞mRNA和蛋白质表达量均增加( P<0.05)。Western-blot结果显示,与损伤组相比,共培养组核因子κB、细胞外调节蛋白激酶2、信号传导与转录激活因子3、信号传导与转录激活因子5和细胞信号转导分子2的表达水平升高;与共培养组相比,miRNA-222-5p组的表达升高( P<0.05)。 结论:间质干细胞与跟腱细胞共培养可促进跟腱细胞成骨分化,同时间质干细胞来源的外泌体可通过转运miRNA-222-5p进一步促进跟腱细胞成骨分化。其机制可能与损伤肌腱中信号通路因子核因子κB、细胞外调节蛋白激酶2、信号传导与转录激活因子3、信号传导与转录激活因子5和细胞信号转导分子2的表达上调有关。
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编辑人员丨4天前
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脓毒症模型小鼠的肠道菌群组成与变化
编辑人员丨4天前
目的:探讨脓毒症小鼠肠道菌群动态变化。方法:选择雄性SPF级C57BL/6小鼠42只,采用盲肠结扎穿孔术(CLP)构建脓毒症模型,按制模后时间分为CLP 6~12 h组( n=9)及1、2、3 d组(均 n=10),并设假手术(Sham)组( n=3)。取小鼠结肠腔内粪便进行肠道菌群16S rRNA测序,并对有效序列进行聚类,获得操作分类单元(OTU),用于Alpha多样性分析、物种组成分析、主坐标分析(PCoA分析)和物种差异分析(LEfSe分析),观察CLP后肠道菌群动态变化。 结果:与Sham组比较,随CLP后时间延长,小鼠肠道菌群Alpha多样性呈下降趋势,表现为群落丰富程度指数降低(CLP后3 d Chao1指数:367.9±162.6比508.3±105.9,Ace指数:372.5±151.9比498.8±104.2),群落多样性指数中Shannon指数降低(CLP后3 d:2.57±1.06比4.30±0.57),Simpson指数升高(CLP后3 d:0.26±0.19比0.04±0.03),提示随CLP后时间延长,肠道菌群丰富程度和多样性均下降。物种组成分析显示,在OTU水平,OTU 633在CLP后1 d时占比最高(24.79%),OTU 1016在CLP后2 d、3 d时占明显优势,CLP后3 d占比最高(61.75%);在属水平,未标记鼠杆菌的丰度随CLP后时间延长呈先轻度升高后明显下降的趋势,大肠杆菌-志贺菌丰度在CLP后2 d、3 d显著升高,乳杆菌丰度随CLP后时间延长呈先增长后下降趋势,拟杆菌属丰度则随CLP后时间延长呈逐渐升高趋势,提示随CLP后时间延长,小鼠肠道菌群结构发生变化。PCoA分析显示,CLP 6~12 h组菌群结构与Sham组相似度较高,随CLP后时间延长,菌群结构发生变化,CLP 3 d组变化显著。LEfSe分析显示,引起组间差异的主要成分为鼠杆菌科未标记属、普雷沃菌科UCG-001、鼠杆菌科未标记属拟杆菌未定义种、副杆菌、大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016。大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016在5组样本丰度差异性排名中分别居属水平及OTU水平首位;大肠杆菌-志贺菌丰度从CLP 6~12 h的0.01%(0%,0.02%)随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.79%(3.71%,53.75%),OTU 1016的丰度从CLP 6~12 h的0.01%(0%,0.02%)随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.69%(3.66%,53.64%)。结论:CLP小鼠存在肠道菌群紊乱,且随着CLP后时间延长,菌群多样性逐渐下降,大肠杆菌-志贺菌逐渐成为绝对优势菌。
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编辑人员丨4天前
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河南省部分地区HIV/AIDS肠道微生物群落结构的相关因素分析
编辑人员丨4天前
目的:分析河南省HIV感染者/AIDS病例(HIV/AIDS)肠道微生物群落结构的相关因素。方法:在河南省采取方便抽样方法抽取122例抗病毒治疗和未抗病毒治疗的病例,采集全血和粪便标本。提取粪便样本的基因组DNA,采用Illumina NovaSeq 6000高通量测序系统对16S rRNA的V3~V4高变区域进行测序。主要在菌群的属水平进行分析,选取丰度最高的30个属作为肠道微生物群落结构的衡量指标。使用冗余分析和Envfit函数对群落结构和各因素之间的相关性进行分析。结果:本研究完成了122例病例的16S rRNA测序和分析,其基本情况为:平均BMI为(23.62±2.78)kg/m 2,年龄(47±13)岁,男性占66.39%(81/122),以异性性传播为主要感染途径(51.64%,63/122),有36例(29.51%,36/122)病例未接受抗病毒治疗。在122例总人群病例样本中,前5位优势菌属是 Prevotella、Roseburia、Megamonas、Bacteroides和 Faecalibacterium。在86例接受抗病毒治疗的病例样本中,前5位优势菌属是 Prevotella、Megamonas、Bacteroides、Roseburia和 Faecalibacterium。在36例未抗病毒治疗病例样本中,前5位优势菌属是 Prevotella、Faecalibacterium、Roseburia、Bacteroides和 Megamonas。在总人群中,抗病毒治疗( P<0.001)是群落结构最显著的相关因素。其他显著因素有:确诊时间( P=0.009)、病毒载量( P=0.022)和HCV抗体( P=0.018)。抗病毒治疗与 Megamonas呈正相关,与 Prevotella、Roseburia和 Faecalibacterium呈负相关,而确诊时间、病毒载量和HCV抗体 3个因素则与 Prevotella、Roseburia和 Faecalibacterium呈正相关,与 Megamonas呈负相关。在未抗病毒治疗人群中,确诊时间( P=0.003)是与群落结构显著相关的因素。确诊时间与 Roseburia、Faecalibacterium、Megamonas和 Prevotella呈正相关,与 Bacteroides呈负相关。 结论:抗病毒治疗和确诊时间是与肠道微生物群落结构显著相关的因素,并且对多个高丰度菌属有着重要影响。
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编辑人员丨4天前
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高通量测序分析乳腺癌微生物群落特征
编辑人员丨4天前
目的:分析乳腺癌患者肿瘤组织与癌旁组织微生物菌群多样性,筛选乳腺癌患者肿瘤组织中的特异性细菌。方法:分析2021年2月至9月河南省肿瘤医院行乳腺癌根治术切除的20例乳腺癌患者的肿瘤组织(TT组)与配对瘤旁组织(TN组),采用Illumina HiSeq高通量测序技术对乳腺癌患者组织样本进行细菌V3-V4区的16S rDNA测序及生物信息学分析,采用 t检验进行计数资料比较。 结果:在门水平上,TT组与TN组的微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、厚壁菌门和拟杆菌门组成,累计含量>60%。微生物多样性分析显示,Chao1指数TN组比TT组为10 167.59±2 929.38比9 044.89±2 735.11( t=1.09, P>0.05),Ace指数TN组比TT组为12 571.96±2 859.65比11 704.53±2 855.75( t=0.81, P>0.05)。Beta多样性显示两组菌群结构差异有统计学意义( R=0.27, P<0.001)。门水平差异分析显示,变形菌门(TN组比TT组为42.63±16.76比52.08±9.53, t=-0.65)、放线菌门(TN组比TT组为6.13±2.55比9.02±1.77, t=-1.03)等在癌组织中明显增加( P<0 .05),厚壁菌门(TN组比TT组为10.62±9.40比4.40±0.95, t=3.41)等明显减少( P<0 .05)。线性判别分析(LDA)显示TT组中α变形菌纲、根瘤菌目、和变形菌门等为显著性差异菌,而TN组中链球菌属和假单胞菌属等为显著性差异菌。 结论:乳腺癌患者癌组织与癌旁组织的微生物群落结构存在明显差异,其中假单胞菌属、链球菌属等为差异微生物有助于筛选标志物。
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编辑人员丨4天前
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城市对海口市南渡江的微生物群落及其毒力因子与抗生素耐药基因组的影响
编辑人员丨4天前
目的:探讨河流流经海口市前后河水中细菌菌群结构、抗生素耐药基因组和病原菌毒力基因组的变化,及其传播扩散模式。方法:从流经海口市前的南渡江上游至南渡江入海口划分前、中、后段3个研究区域,每个区域选择3个采样点,每个采样点平行采集6份样本并混合为1份,每份3 L。通过宏基因组测序和16S rRNA基因全长测序获得相关生物信息数据,分析前、中、后3段水体中微生物群落结构以及耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件信息。运用主坐标分析、普氏分析和曼特尔检测等方法分析样本间菌群分布差异以及传播模式相关性。结果:随着河水流经海口市,微生物的α多样性呈现逐渐降低趋势。其中变形菌门在前、中、后段的细菌群落中均占据主导地位,中、后段变形菌门相对丰度高于前段。抗生素耐药基因、毒力因子及可移动遗传元件的多样性和丰度在前段均处于较低水平,流经海口市后,均明显升高。同时,可移动遗传元件介导的水平传播在抗生素耐药基因和毒力因子扩散中发挥较大作用。结论:城市化对河流中的微生物及其携带的耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件产生显著影响。在海口市南渡江,河流流经城市受纳了人群排出的抗生素耐药菌和病原相关细菌,同时抗生素耐药基因和毒力因子在细菌中的富集,显示了城市人群排出的抗生素耐药菌和病原菌对环境健康和公共卫生的威胁。流经城市前后微生物组和抗生素耐药基因组的比较,也可成为有价值的抗生素耐药扩散监测预警指标。
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编辑人员丨4天前
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口腔微生物稳态调控与口腔疾病
编辑人员丨4天前
口腔微生物群落由多样化的细菌、病毒、真菌和原生动物群体构成,其稳定性、功能和组装过程受到宿主与微生物间复杂的相互作用调控。高通量测序技术为深入研究和认识口腔微生物群落在健康和疾病状态下的分类结构、基因组成、功能和动态变化途径提供了重要方法。本文系统介绍了口腔微生物群落的建立、稳态调控、常见口腔疾病相关的菌群失衡、影响因素。结合微生物学、免疫学和多组学的视角,可以深入探讨人体与微生物间的复杂分子对话。开展口腔微生态组装原理、细胞间信号、压力适应性以及引发菌群失衡触发因素的深入研究,对于开发新的诊断技术、治疗方案和定制益生菌至关重要。可以通过天然产物、小分子化合物、益生元、益生菌、噬菌体等方法调节口腔微生态并尽可能地减少对口腔微生态系统的破坏,为促进口腔和全身健康提供新的机遇。
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编辑人员丨4天前
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加味补中益气汤对COPD模型大鼠肠道菌群的影响
编辑人员丨4天前
目的:分析加味补中益气汤对慢性阻塞性肺疾病(COPD)模型大鼠肠道菌群的影响。方法:2021年4-6月,选取SPF级Wistar大鼠60只,采用随机数字表法分为空白对照(BC)组、模型(Model)组、中药(CM)组、西药(WM)组,每组15只。除BC组外均以烟熏法建立肺脾两虚型COPD模型,造模后CM组、WM组分别以加味补中益气汤、合生元灌胃干预,Model组、BC组则以0.9%氯化钠注射液灌胃干预。7 d后收集各组大鼠粪便进行肠道菌群16S rRNA测序,对有效序列进行聚类,获得操作分类单元(OTU),用于主坐标分析(PCoA)、物种组成分析、Alpha多样性分析,分析加味补中益气汤对肠道菌群结构、多样性和丰度变化的影响。结果:CM组和WM组以厚壁菌门为主,BC组和Model组以拟杆菌属为主。各组中优势菌群主要为乳杆菌、拟杆菌属。Alpha多样性分析显示,CM组、WM组、BC组群落丰富度指数中Shannon指数分别为(3.65±0.35)、(3.65±0.36)、(3.59±0.20),均高于Mode组的(3.37±0.26)( t=2.49、2.44、2.60,均 P < 0.05),CM组、WM组、BC组Shannon指数差异无统计学意义( P > 0.05);CM组、WM组、BC组Sobs指数分别为(458.67±73.11)、(454.80±95.13)、(525.93±101.88),均高于Mode组的(337.40±37.49)( t=5.72、4.45、6.73,均 P < 0.05),且BC组Sobs指数高于WM组,BC组与CM组、WM组与CM组Sobs指数比较,差异均无统计学意义(均 P > 0.05)。PCoA分析显示,与BC组比较,门水平上Model组放线菌门下降、变形菌门和脱硫菌门上升,属水平上Model组拟杆菌属、罗姆布茨菌属、毛螺杆菌属及副拟杆菌属上升,普雷沃菌属、梭菌属、布氏菌属和瘤胃球菌下降;与WM组相比,CM组杆菌属、普雷沃菌属、布氏菌属和拟普雷沃菌属上升,梭菌属、嗜果胶拟杆菌属、克里斯滕森菌属和毛螺杆菌属下降,各组菌群组成差异均有统计学意义(均 P < 0.05)。 结论:COPD模型大鼠存在肠道微生态失衡,加味补中益气汤可调节肠道微生态环境,改善肠道菌群结构,提高肠道菌群多样性和丰富度。
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编辑人员丨4天前
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牙周炎相关关键微生物的网络分析构建与预测
编辑人员丨4天前
菌斑微生物之间存在复杂的相互作用,在环境因素的影响下可使群落产生重构,促进牙周炎的发生与发展。关键微生物在调节微生物群落动态变化中十分重要。在牙周微生态中,共存网络构建和分析的方法有助于筛选牙周炎相关的关键微生物以便进一步进行实验研究。这些微生物如牙龈卟啉单胞菌等可以作为微生物成员的重要联络者协同调节群落毒力等特征,或作为响应环境因素的重要调控因子如介导免疫失衡推动群落结构和功能重塑。本文将从微生物共存网络构建、应用网络拓扑分析技术进行关键微生物筛选与预测,以及与牙周炎发生发展相关的关键微生物等方面进行综述,为进一步确定关键微生物以及研究此类微生物在群落动态变化中的作用提供参考。
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编辑人员丨4天前
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枸杞多糖对孕期慢性应激母鼠及其子代肠道菌群的改善作用
编辑人员丨4天前
目的:了解枸杞多糖(LBP)对经历孕期慢性应激的母鼠及其子代肠道菌群的改善作用,为改善应激对肠道的影响提供新思路。方法:于2019年7至10月,选择24只SPF级雌性SD成年大鼠,分为对照组、应激组、应激+LBP组,每组8只。建立孕期慢性不可预知温和刺激模型(21 d),并于应激第8天行40 mg/kg LBP溶液灌胃干预。分别在应激前1天和第1、7、14、21天取母鼠内眦静脉血,测定皮质醇并计算皮质酮浓度。收集应激结束后母鼠和出生后20 d子鼠的新鲜粪便,运用Illumina Miseq测序技术、Alpha多样性、群落组成等分析肠道菌群的多样性与结构变化。结果:在应激第7、14天,应激组和应激+LBP组母鼠血浆皮质酮浓度水平高于对照组( P<0.05)。母鼠Alpha多样性中应激组Ace指数低于对照组( P<0.05);肠道菌群结构分析显示,在种水平下,应激+LBP组毛螺菌科、乳杆菌占比高于应激组和对照组;在目水平下,应激+LBP组梭菌目占比高于应激组、低于对照组,而乳杆菌目占比高于应激组和对照组。子鼠组Alpha多样性中应激+LBP子鼠组Shannon指数、Ace指数和Chao指数均高于应激子鼠组( P<0.05);肠道菌群结构在种水平下,应激+LBP子鼠组乳杆菌占比高于对照子鼠组和应激子鼠组,应激+LBP子鼠组毛螺菌科和瘤胃菌科占比高于应激子鼠组;在目水平下,应激+LBP子鼠组拟杆菌目占比低于应激子鼠组,应激+LBP子鼠组梭菌目占比高于应激子鼠组和对照子鼠组。 结论:LBP的干预可能改善孕期应激对母鼠及子代肠道菌群多样性、丰富度和菌群结构的改变,从而维持肠道菌群的平衡。
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编辑人员丨4天前