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宏基因组病原学测序在下呼吸道感染的诊断价值和应用进展
编辑人员丨5天前
下呼吸道感染(lower respiratory tract infection,LRTI)迄今仍是全球关注的重大卫生问题,及时准确地检出感染病原体是该病对因治疗的关键.现有各类微生物检测方法尚难满足日益发展的临床病原诊断需求.宏基因组下一代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)作为高通量、广覆盖、灵敏快速、无需预判的新型检测技术,可极大地提高感染性疾病的病因诊断率.本文综述了 mNGS的概念、技术优势、在LRTI病原诊断的临床应用现状、以及mNGS当前面临的部分责任病原体序列数低,或与背景菌区分鉴别困难的挑战,并从技术和临床不同层面提出了应对措施和未来展望.
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编辑人员丨5天前
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NLR、PCT、IL-6、CRP、SAA联合检测对不同病原菌血流感染的诊断价值
编辑人员丨5天前
目的 探究中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、降钙素原(PCT)、白介素-6(IL-6)、C-反应蛋白(CRP)、淀粉样蛋白A(SAA)联合检测对不同病原菌血流感染(BSI)的诊断价值.方法 选取2021年5月至2023年5月于东莞市清溪医院就诊的200例血流感染患者作为研究对象,根据病原菌检测结果将患者分为革兰阳性菌组、革兰阴性菌组与真菌组,对各组患者NLR、PCT、IL-6、CRP以及SAA水平进行检测,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析各指标单独及联合检测对于不同病原菌血流感染的诊断价值.结果 200例阳性患者中革兰阳性菌92例,革兰阴性菌101例,真菌7例;三组PCT、IL-6、CRP、SAA水平比较差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线分析结果显示:SAA的曲线下面积值(AUC)值最高,分别为0.997、0.927、0.991,联合后与单一SAA诊断的AUC比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 PCT、IL-6、CRP、SAA水平在不同病原菌BSI患者中存在差异,均可作为不同病原菌BSI的诊断鉴别指标,其中以SAA的诊断鉴别效能相对最佳.
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编辑人员丨5天前
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宫颈癌患者肠道微生物的精准检测分析
编辑人员丨5天前
目的:通过肠道菌群检测了解宫颈癌患者肠道菌群的构成及多样性等特征,以期从肠道菌群方面找出与宫颈癌发生和进展相关预警因子.方法:选取2022年1月至2023年7月在广西医科大学附属肿瘤医院经病理组织学证实且在取材时未接受任何治疗的正常和宫颈癌患者;通过肠道菌群检测分析相关因素与宫颈癌发生和进展之间的相关性.结果:收集30例健康妇女(正常对照组)和51例宫颈癌患者(宫颈癌组)的大便进行肠道菌群检测;α、β多样性分析显示本次抽样充分,两样本在多样性具有显著差异;与正常对照组比较,宫颈癌组肠道菌群中的菌群多样性明显减少(P<0.05);对主要病原菌种检测丰度比较发现,与正常对照组比较,宫颈癌组肠道菌群中主要病原菌种的检测丰度明显增加,主要有大肠埃希氏菌、脆弱拟杆菌、痢疾志贺氏菌(P<0.05),宫颈癌组肠道菌群中主要有害菌属的检测丰富明显增加,主要有链球菌属、梭杆菌属、克雷伯氏菌属、志贺氏菌属(P<0.05).在分类学组成分析和组间差异分析中可发现厚壁菌门、变形菌门在宫颈癌组和正常对照组之间有显著差异(P<0.05);同时,肠道菌群中的益生菌主要是双歧杆菌属和乳杆菌属可见减少趋势,但差异无统计学意义(P>0.05).此外,在对两组的肠道菌群中主要代谢产物和微量元素的比较发现,宫颈癌组肠道菌群中的氨基酸含量均有不同程度的升高、维生素中A、B1、B2、B6、B12、叶酸、维生素C、维生素E、维生素K的含量均显著升高(P<0.05)、微量元素中铁含量降低(P<0.05)、脂肪酸中乙酸含量降低、丁酸含量增多(P<0.05)、营养评估中的脂肪含量降低、碳水化合物含量升高(P<0.05).结论:宫颈癌患者肠道菌群失调,各种营养素失衡,这些改变可能促进宫颈癌的发生.
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编辑人员丨5天前
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一步法在泌尿生殖系统感染病原体核酸检测中的临床应用评价
编辑人员丨5天前
目的 探讨一步法用于泌尿生殖系统感染病原体核酸检测的可行性,为一步法实现广泛的临床应用提供实验基础.方法 采集2021年3月至2021年8月期间到深圳市宝安区人民医院就诊的200例泌尿生殖道感染患者分泌物,分别用一步法和传统煮沸法进行核酸提取,比较两种提取方法的结果一致性、灵敏度、抗干扰能力和重复性.结果 一步法与煮沸法的提取阳性率一致性Kappa值为0.949,一致性较高;对选取的阳性样本两种提取方法最高可检测出1:100000的稀释浓度;抗干扰实验干扰偏移均在10%以内;重复性实验显示两种提取方法的CV值均在5%以内.结论 两种提取方法比较差异无统计学意义,一步法操作简单快速,降低污染风险,具有非常好的临床应用价值.
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编辑人员丨5天前
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自建微流控-芯片法检测布鲁氏菌的性能验证及评价
编辑人员丨5天前
目的 采用自建微流控-芯片法检测系统对本实验室于2021年5月至2022年8月期间收集保存的布鲁氏菌阳性菌株、阳性血清、阴性血清进行检测,验证自建系统检测布鲁氏菌核酸的主要性能是否满足相关标准.方法 依据CNAS-GL039:2019《分子诊断检验程序性能验证指南》、《实验室自建分子诊断项目基本要求专家共识》、《布鲁菌病诊疗专家共识》相关要求,对自建微流控-芯片法检测系统的符合率、重复性、检出限、交叉反应、抗干扰能力、敏感性及特异性进行验证及评价.结果 自建检测系统与经血培养鉴定为布鲁氏菌阳性菌株、体检者阴性标本检测结果的阳性符合率为100%,阴性符合率为100%,总符合率为100%;1.50×108CFU/mL、500 CFU/mL布鲁氏菌阳性标本重复性检出率均为100%;检出限浓度(1000 copies/mL)企业参考品20次重复检测结果均为阳性;七种交叉反应病原体标本检测中,布鲁氏菌核酸结果均为阴性;在混有干扰物质的弱阳性布鲁氏菌标本检测中,布鲁氏菌核酸结果均为阳性;在布鲁氏菌感染检测中的敏感性和特异性分别为89.88%、95.74%.结论 微流控-芯片法检测系统的符合率、重复性、检出限、抗干扰能力、交叉反应、敏感性及特异性性能指标均符合相关标准及检测要求,可用于临床检测工作.
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编辑人员丨5天前
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2012-2021年海南地区儿童常见呼吸道病原体流行情况分析
编辑人员丨5天前
目的 分析海南省儿童急性呼吸道感染(acute respiratory tract infections,ARTI)常见呼吸道病原体的流行病学特征,为预防和诊治儿童ARTI提供参考.方法 选择2012年3月—2021年12月在海南省多家医院儿科住院治疗的ARTI患儿,采用间接免疫荧光法检测患儿血清甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病(FluB)、呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒(ADV)、副流感病毒(PIV)、肺炎支原体(Mp)、肺炎衣原体(Cp)、嗜肺军团菌(Lp)、Q热立克次体(COX)9种病原体的IgM抗体,某种病原体IgM抗体阳性定义为该种病原体感染,对呼吸道感染病例的流行病学和临床资料进行回顾性分析.结果 本研究符合入选条件患儿共59 312例,IgM阳性患儿检出率为37.69%(22 357/59312).FluA、FluB、RSV、ADV、PIV的IgM阳性占总阳性率的35.23%(9 953/28255);前3位病原体Mp、FluB、PIV阳性占IgM总阳性率86.54%(24 451/28255),其检出率分别为28.58%(16 953/59312)、9.50%(5 636/59312)、3.14%(1 862/59312).4 039例检出双重病原体,最常见的组合为Mp+FluB.各季节间比较,FluA、FluB、ADV、Cp和Lp在春季检出率最高,在秋季检出率最低;PIV、Mp和COX在夏季检出率最高,在冬季检出率最低.RSV在夏季检出率最高,在秋季检出率最低.2012-2021年期间2013年IgM阳性检出率最高(78.65%),2021年最低(15.72%),10年间各年检出率差异有统计学意义(P<0.001).结论 海南地区呼吸道病原体的流行各有其季节性,可以针对其流行特征制订相应的防护措施,应对儿童高发季节的呼吸道病原体感染.
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编辑人员丨5天前
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基于症候群检测在感染性疾病实验室病原诊断中的应用
编辑人员丨5天前
急性感染性疾病仍然是儿科最常见的疾病。准确和及时地作出病原学诊断对于帮助这类疾病的有效治疗至关重要。基于症候群检测的多重核酸分子检测技术是指使用单一实验同时检测多种可造成相似症状的病原的检测方法。因其敏感性、特异性高并且快速高效在近几年被迅速广泛用于呼吸道、消化道、血流、中枢神经系统及关节感染的实验室病原快速诊断。
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编辑人员丨5天前
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2018—2019年河北省病毒性脑炎流行特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解河北省病毒性脑炎流行特征。方法:收集2018—2019年河北省6家哨点医院符合监测病例定义的就诊病例信息,采集急性期血清和脑脊液标本,对所有血清标本检测8种常见病毒IgM抗体,对检测阴性病例的脑脊液标本用real-time PCR方法检测相应病原。结果:2018—2019年共检测病毒性脑炎病例798例,病原阳性的病例213例,检出率为26.69%。主要病原体是腮腺炎病毒和单纯疱疹病毒。病毒性脑炎全年均有发病,5—9月发病数占全年的56.34%(450/798)。腮腺炎病毒和单纯疱疹病毒引起的脑炎无明显的季节性,乙脑病毒和肠道病毒引起的脑炎多发生于夏秋季,风疹病毒引起的脑炎发生在2—7月。病毒性脑炎病原检出阳性病例主要集中在儿童,其中6~10岁年龄组检出率最高。乙脑病毒引起的脑炎20岁以上患者占51.61%。结论:腮腺炎病毒和单纯疱疹病毒是引起河北省病毒性脑炎的主要病原。应加强病毒性脑炎的监测,做到早诊断、早治疗。
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编辑人员丨5天前
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2017年山东省三个城市食源性腹泻中胃肠炎病毒的病原谱特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析山东省三个城市食源性腹泻病例中胃肠炎病毒病原谱的分布和流行特征。方法:于2017年1—12月,以山东省济南、烟台和临沂市的6家哨点医院为研究现场,收集1 397例食源性腹泻病例的粪便标本,同时获取其基本信息和临床症状。采用双重荧光定量RT-PCR分别检测如病毒基因Ⅰ组(NoV GⅠ)和Ⅱ组(NoV GⅡ)、札如病毒(SaV)和人星状病毒(HAstV),采用单重荧光定量RT-PCR检测轮状病毒A组(RVA),采用荧光定量PCR检测肠道腺病毒(EAdV),对病毒的特异性片段进行测序、分型。比较不同特征病例胃肠炎病毒阳性率以及阳性和阴性病例间临床症状的差异。结果:年龄 M( P25, P75)为23(1,42)岁;以男性为主,占57.48%(803例);≤5岁儿童居多,占36.36%(508例)。胃肠炎病毒阳性率为33.93%(474例),济南、临沂和烟台市分别为32.03%(147/459)、41.54%(189/455)和28.57%(138/483)( P<0.001);NoV GⅡ组的阳性率最高,为16.54%(231例),5月(24.75%,50/202)和6月(19.59%,38/194)出现高峰,以GⅡ.P16/GⅡ.2型(48.28%,56/116)为主。阳性病例中,44.51%(211/474)出现呕吐症状,高于阴性病例(34.13%,315/923),差异有统计学意义( P<0.001)。 结论:山东省食源性腹泻病例中男性、5岁以下儿童居多;NoV GⅡ流行强度较高,发病高峰为春夏季,病毒性胃肠炎临床症状不典型。
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编辑人员丨5天前
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昆明市手足口病病原构成及柯萨奇病毒A组6型基因特征分析(2016—2018年)
编辑人员丨5天前
目的:了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况,阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)基因特征。方法:对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型(EV-A71)+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测,并对非EV-A71和非CV-A16阳性样本进行普通RT-PCR扩增得到VP1全长序列。用MEGA 5.2软件对本次研究分离到的昆明市CV-A6毒株序列与参考序列构建系统进化树,分析其分子流行病学特征。结果:2016—2018年昆明市手足口病病原监测结果显示,昆明市实验室诊断手足口病共2 318例,其中,检出EV-A71阳性417例,CV-A16阳性883例,其他EV阳性1 018例。2016年的优势病原为CV-A16(50.26%),2017和2018年优势病原均为其他EV,分别占56.06%和54.03%。从其他EV共分离出CV-A6毒株57株,均属于国内流行的D3a亚型。结论:2016—2018年引起昆明市儿童手足口病的主要病原体是CV-A16和其他EV,应加强常规监测中其他EV的监测,并关注CV-A6毒株的持续流行。
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编辑人员丨5天前