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基于蛋白质组学的慢性阻塞性肺疾病合并肺癌的关键靶点筛选与验证
编辑人员丨1个月前
目的 采用蛋白质组学分析联合生物信息学技术,初步预测慢性阻塞性肺疾病(COPD)相关肺癌(COPD-LC)的生物学机制及其潜在的核心治疗靶点,并进行验证.方法 收集2018年12月至2021年8月新疆医科大学第四临床医学院门诊就诊的COPD、肺癌患者以及体检的健康人员的尿液标本,并进行高通量测序.筛选差异蛋白并构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,进行功能富集分析,进一步预测COPD-LC的关键靶点,最后采用基因表达数据库(GEO)对上述分子进行验证.结果 蛋白质组学结果显示,与正常对照组相比,COPD组存在157个差异蛋白,其中上调67个,下调90个;与正常对照组相比,肺癌组存在306个差异蛋白,其中上调132个,下调174个;此外,本研究基于相互作用基因检索工具(STRING)平台,将上述差异蛋白进行PPI分析.基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,COPD-LC主要富集在细胞外区域、溶酶体、细胞外空间、淀粉酶活性、蛋白酶抑制剂活性、防御/免疫蛋白活性等方面.在GEO数据库中搜索关于COPD和肺癌患者微阵列数据,最终纳入GSE8581和GSE43346共2个数据集,在GSE8581数据集中共识别出13 605个差异基因,在GSE43346数据集中识别出 3 403个差异基因,进一步分析GSE8581、GSE43346数据集与COPD-LC中差异基因的重叠程度,发现潜在转化生长因子β结合蛋白(LTBP)4、N-乙酰α-D-氨基葡萄糖苷酶(NAGLU)、泛素蛋白连接酶E3成分N-识别蛋白4(UBR4)、DNA损伤结合蛋白1-CULA相关因子(DCAF)5等4个重叠蛋白,最后在GEO数据集中获得验证.结论 本研究初步揭示了 LTBP4、NAGLU、UBR4、DCAF5等4个COPD-LC的潜在治疗靶点,其中靶点NAGLU、UBR4、DCAF5在COPD和肺癌中鲜有报道.上述蛋白在COPD和肺癌中均显著低表达,或可成为COPD-LC的重要诊断与治疗的生物标志物.
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编辑人员丨1个月前
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血清miR-150-5p和LTBP-2检测在急性脑梗死患者病情评估中的价值
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨血清miR-150-5p和潜伏转化生长因子结合蛋白(LTBP)-2相对表达量在急性脑梗死(ACI)患者病情评估中的价值.方法 选取2018年5月—2021年2月义乌復元私立医院ACI患者121例(ACI组).根据发病48~72 h内脑梗死体积分为小梗死组、中梗死组、大梗死组;根据美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分将ACI患者分为轻度组、中度组、重度组.以体检健康者128名作为正常对照组.检测所有研究对象血清miR-150-5p和LTBP-2 mRNA的表达情况.采用Pearson相关分析评估ACI患者miR-150-5p与LTBP-2 mRNA的相关性.采用Logistic回归分析评估发生ACI的危险因素.结果 与正常对照组比较,ACI组血清miR-150-5p相对表达量显著降低(P<0.001),而LTBP-2 mRNA相对表达量显著升高(P<0.001).小梗死组、中梗死组和大梗死组血清miR-150-5p相对表达量依次降低(P<0.001),LTBP-2 mRNA相对表达量依次升高(P<0.001).轻度组、中度组和重度组血清miR-150-5p相对表达量依次降低(P<0.001),LTBP-2 mRNA相对表达量依次升高(P<0.001).Targetscan网站预测结果显示,LTBP-2是miR-150-5p潜在的靶基因.Pearson相关分析结果显示,ACI组血清miR-150-5p表达与LTBP-2 mRNA表达呈负相关(r=-0.346,P<0.001).多因素Logistic回归分析结果显示,miR-150-5p相对表达量降低、LTBP-2 mRNA相对表达量升高是ACI发生的危险因素[比值比(OR)值分别为0.563、1.698,95%可信区间(CI)分别为0.445~0.712、1.342~2.148].结论 ACI患者血清miR-150-5p和LTBP-2表达与疾病严重程度有关,或可作为ACI病情评估的指标.
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编辑人员丨2024/2/3
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中国一先天性青光眼家系及散发病例LTBP2基因的突变筛查
编辑人员丨2023/8/6
目的 筛查中国一先天性青光眼(PCG)家系及散发病例潜在转化生长因子β结合蛋白2(LTBP2)基因的突变.方法 收集我院2007年至今CYPlB1基因突变筛查阴性的1个PCG家系、9例散发病例及50位正常人,行LTBP2基因的14个外显子及邻近内含子突变筛查.结果 发现家系患病父子及1个散发病例内含子序列点突变:g.74991741A>T(rs862032),位于Intron15-16,与疾病表型分离;在LTBP2基因编码区鉴定出5个单核苷酸多态性(SNP),其中2个错义突变:c.956C>A,p.P319Q和c.4286G>A,p.R1429Q(正常人未检出);3个同义突变:c.1287G>A,p.L429L、c.2406T>C,p.T802T和c.2502T>C,p.T834T.其中p.L429L只在PCG病人中检出,p.T802T和p.T834T在病人及正常人均存在.在其他病人中检查到另外3个内含子突变:g.75022538T>C(rs57176747),g.75019157A>G(rs11622992)和g.74967541A>C,其中g.74967541A>C无SNP编号,为首次报道,其位于编码区后第46位核苷酸,属于3'端UTR突变.rs11622992首次在原发性PCG病人中检出;病人和正常人都存在的内含子突变为:g.74992861T>G,g.74991959A>G.结论 LTBP2基因点突变rs862032与该家系发病相关,其与g.74967541A>C、rs57176747和rs11622992都参与PCG发病.
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编辑人员丨2023/8/6
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炎症条件下Ltbp2促进淋巴细胞跨内皮细胞迁移
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨组织内转化生长因子β结合蛋白2(Ltbp2)在炎症条件下促进淋巴细胞及其亚群跨内皮细胞的迁移.方法:利用CRISPR/Cas9敲除MS1细胞上的Ltbp2基因;淋巴细胞与内皮细胞黏附实验比较淋巴细胞对MS1细胞和敲除细胞Ltbp2-/-MS1的黏附能力,RT-PCR及流式细胞术比较MS1细胞和敲除细胞Ltbp2-/-MS1表面黏附分子的表达情况;Transwell实验比较淋巴细胞及其亚群穿过MS1细胞和敲除细胞Ltbp2-/-MS1的能力.结果:在炎症条件下,淋巴细胞的黏附及跨MS1细胞的迁移能力显著高于敲除细胞Ltbp2-/-MS1.结论:在炎症条件下,Ltbp2促进淋巴细胞与内皮细胞的黏附及跨内皮细胞迁移.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于GEO数据库线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作芯片数据的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 从分子水平探讨线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(MELAS)的可能发病机制和临床表现.方法 自GEO数据库中获取野生型细胞系和高表达mtDNA A3243G位点突变细胞系的芯片信息,采用R语言程序分析获得差异表达基因,行GO富集分析和KEGG通路富集分析并通过多组芯片的两两比较筛选出共同的差异表达基因,蛋白质相互作用网络分析关键调控基因与MELAS发病机制和临床症状之间可能的关联.结果 自GEO数据库中筛选获得563个差异表达基因,250个基因表达上调、313个基因表达下调;GO富集分析显示,差异表达基因的主要功能是细胞外基质(ECM)粘附的生物学过程;KEGG通路富集分析包括磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT)信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、ECM受体相互作用通路等.STRING数据库筛选出GNG2、SDC2、ANXA1、FN1、TNC、CYR61、IGFBP3、LTBP1、SERPIND1共9个关键基因.3组芯片进行两两比较筛选出PAMR1、GLRX5、SNCA等共同的差异表达基因.结论 ECM粘附的生物学过程以及PI3K-AKT信号通路、TGF-β信号通路、ECM受体相互作用通路均参与线粒体能量代谢过程,可能与MELAS的发病机制有关;GNG2、TNC、LTBP1、PAMR1、GLRX5、SNCA等作为关键基因可能与MELAS的临床表现有关.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于肿瘤数据库分析IGFBP5基因在结直肠癌中的表达及意义
编辑人员丨2023/8/5
目的 研究IGFBP5基因在结直肠癌中的表达水平及临床意义,探讨IGFBP5在结直肠癌发生发展中的作用及其分子机制.方法 使用RT-qPCR实验检测IGFBP5在结直肠癌组织和癌旁组织中的表达水平;分别从GEPIA2和Linked Omics数据库分析IGFBP5在结直肠癌组织中的表达与临床病理参数之间的相关性和对预后的影响;使用Linked Omics数据库导出结直肠癌中与IGFBP5相关的前1000位相关基因,并使用DAVID网站分析IGFBP5的分子功能和相关信号通路;使用STRING网站和Cytoscape软件预测与其可能与IGFBP5发生相互作用的蛋白网络.结果 RT-qPCR结果显示:IGFBP5基因在结直肠癌组织中表达水平显著性升高(P<0.05);IGFBP5表达水平与结直肠癌N分期呈正相关(P<0.05),而与结直肠癌病理分级、T分期和M分期均无显著相关性(P均>0.05);IGFBP5表达水平越高,患者的总生存期和无病生存期越差(P均<0.05);GO分析结果显示:IGFBP5在结直肠癌中与细胞黏附、血管生成和血管内皮生长因子等多种促癌功能有关(P均<0.05);KEGG分析结果显示:IGFBP5基因与PI3K-Akt信号通路激活有关(P均<0.05);蛋白互作网络图结果显示:在结直肠癌中IGF1、IGF2、SPP1、LTBP1和FAM20C基因与IGFBP5基因关联最紧密.结论 IGFBP5基因在结直肠癌组织中表达水平升高,并且IGFBP5的表达与结直肠癌淋巴结转移正相关,与临床预后负相关,因此IGFBP5可作为结直肠癌初步诊断和判断预后的标志物.
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编辑人员丨2023/8/5
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膜性肾病关键基因的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 基于微阵列数据鉴定膜性肾病(MN)中显著差异表达的基因,并为膜性肾病的诊断与治疗寻找新的潜在基因靶点.方法 通过基因表达数据库(GEO)下载GSE108109、GSE115857两个数据集.应用GEO2R工具筛选出正常肾组织与MN患者肾组织的差异表达基因(DEGs).应用DAVID数据库,对DEGs进行基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集.然后,应用STRING工具和Cytoscape软件构建并可视化DEGs的蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Degree分析识别其中的Hub基因.应用NephonSeq v5在线平台分析Hub基因表达与MN临床特征的关系.结果 共筛选出240个DEGs,其中表达上调基因149个,表达下调基因91个.DEGs涉及许多功能和表达途径,如细胞形态调节及细胞骨架的构建.在PPI网络中,共识别出13个Hub基因,包括TP53、PIK3R1、KIT、QSOX1、LAMB1、SHC1、CDK2、APOL1、NES、PTPN6、POLR2A、PRKACA、LTBP1.PRKACA、LTBP1基因表达与蛋白尿呈正相关(r分别为0.858、0.799,P分别为0.006、0.017),POLR2A的表达与蛋白尿呈负相关(r=-0.866,P=0.005).PRKACA基因表达与血肌酐呈负相关(r=-0.601,P=0.008),POLR2A的表达与血肌酐呈正相关(r=0.583,P=0.011).结论 通过生物信息学分析MN肾组织微阵列数据,发现240个DEGs和13个Hub基因,这些基因可能为MN的诊断与治疗提供潜在基因靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
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LTBP2通过TLR4/NF-κB信号通路抑制糖尿病大鼠海马神经元凋亡
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨沉默潜在转化生长因子β结合蛋白2(LTBP2)基因对糖尿病大鼠学习记忆功能的影响及机制.方法 雄性SD大鼠45只一次性腹腔注射链脲佐菌素(STZ)55 mg/kg,72 h后采尾静脉血测血糖,将血糖>16.7 mmol/L的大鼠定为糖尿病模型;模型诱导成功后将大鼠随机分成3组:糖尿病(DM)组、si-LTBP2组(大鼠海马给予腺病毒包装的针对LTBP2的siRNA 10μL)、sc-LTBP2组(大鼠海马给予LTBP2对照序列10μL),每组15只.另取15只正常大鼠作为对照(CON)组.12周后,水迷宫检测大鼠学习记忆能力;免疫组织化学染色和实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测海马LTBP2表达;Western blot检测海马LTBP2、Toll样受体4(TLR4)、核因子(NF)-κB蛋白相对表达量;TUNEL染色检测海马神经元凋亡.结果 与CON组相比,DM组、si-LTBP2组和sc-LTBP2组LTBP2、TLR4、NF-κB表达明显增加,海马神经元凋亡明显增多,大鼠学习记忆能力明显下降(均P<0.05).与DM组相比,si-LTBP2组LTBP2、TLR4、NF-κB表达明显降低,海马神经元凋亡明显减少,大鼠学习记忆能力明显提升(均P<0.05).结论 沉默海马LTBP2的表达可明显改善糖尿病大鼠学习记忆能力,其机制可能与抑制TLR4/NF-κB信号通路有关.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于转录组学膀胱癌临床预后模型的构建
编辑人员丨2023/8/5
目的:筛选膀胱癌预后相关基因,建立膀胱癌预后评分模型.方法:通过UCSC Xena平台下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)中406例膀胱癌患者的临床信息和膀胱癌组织RNA测序数据,以及28名健康对照者正常膀胱组织RNA测序数据.采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析筛选膀胱癌预后相关基因并建立预后模型,结合Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线(ROC曲线)验证模型的准确性.结果:分析得到膀胱癌相关差异表达基因共2308个.WGCNA拟合得到6个基因模块,筛选出对膀胱癌预后有显著作用的基因829个.运用单因素Cox回归与LASSO回归分析筛选出24个与膀胱癌患者预后相关的基因,多因素Cox回归分析训练集数据得到9个作为独立预测因子的基因,分别是ADCY9、MAFG_DT、EMP1、CAST、PCOLCE2、LTBP1、CSPG4、NXPH4、SLC1A6,以此建立膀胱癌患者预后预测模型.训练集中高风险组和低风险组3年存活率分别为31.814%和59.821%,测试集中高风险组和低风险组3年存活率分别为32.745%和68.932%,模型预测训练集和测试集患者预后的ROC曲线下面积均在0.7以上.结论:本研究建立的模型对膀胱癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力.
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编辑人员丨2023/8/5
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特发性肺纤维化预后标志物的研究进展
编辑人员丨2023/8/5
特发性肺纤维化(IPF)是一种纤维化型间质性肺疾病,该疾病进展快、预后差、中位生存期短,严重危害患者健康.在病程早期准确评估IPF患者预后,有助于加强疾病管理、改善患者结局,因此IPF的预后评估是该病诊疗的重要一环.近年来与IPF预后相关的标志物不断涌现,良好的预后标志物能够协助判断IPF患者的危险分层与结局.因此本文从蛋白、基因、微生物菌落、细胞等方面总结了既往研究中发现的IPF可能的预后标志物,提示基质蛋白酶7(MMP-7)、端粒长度(TL)和纤维细胞是较为可靠的IPF预后标志物.涎液化糖链抗原6(KL-6)、表面活性蛋白A(SP-A)、MUC5B基因启动子单核苷酸多态性(SNP)等生物标志物的预后价值存在争议,有待进一步研究.潜在转化生长因子结合蛋白2(LTBP-2)、血管生成素2(Ang-2)、TOLLIP启动子SNP、微生物菌落等预后标志物的研究相对较少,预后作用有待验证.本文能够为临床早期识别高危患者、及时把握干预时机提供更加客观的指标,为今后IPF的预后研究提供参考.
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编辑人员丨2023/8/5